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[ORCA] ORCA调用xtb时出现问题

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本帖最后由 mettlyz 于 2021-11-2 12:24 编辑

上传的inp文件如图1所示



调用XTB2进行计算,程序出现如图2所示的错误




请问这该如何解决?



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发表于 Post on 2021-11-2 12:29:38 | 只看该作者 Only view this author
看输出文件里的内容,这是遇到所有问题时第一个应该想到的事情
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-2 12:33:53 | 只看该作者 Only view this author
输出文件out的内容是这样的

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发表于 Post on 2021-11-2 12:49:54 | 只看该作者 Only view this author
把溶剂模型设置去了再试
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-2 13:41:56 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 mettlyz 于 2021-11-2 13:44 编辑

这次提示我说是没有xtb软链接不可用



可是我明明按照网上的说法,在GitHub上下载了xtb压缩包,然后解压并制作软链接到orca的安装执行路径上去了

202111021337095400..png (74.03 KB, 下载次数 Times of downloads: 22)

202111021337095400..png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-2 14:41:42 | 只看该作者 Only view this author
哦,我刚刚把输入文件inp改成这样,就能够正常运行了



谢谢您!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-2 16:16:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-11-2 12:49
把溶剂模型设置去了再试

能再请问一下,为什么加了溶剂模型就不行嘛?或者我要怎么修改这个溶剂模型?

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发表于 Post on 2021-11-2 18:33:59 | 只看该作者 Only view this author
mettlyz 发表于 2021-11-2 09:16
能再请问一下,为什么加了溶剂模型就不行嘛?或者我要怎么修改这个溶剂模型?

xTB不支持CPCM、SMD溶剂模型,只支持ALPB溶剂模型。需要加 ! ALPB(溶剂名) 关键词
具体可以在orca手册里搜ALPB,有相关介绍
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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发表于 Post on 2021-11-2 20:46:24 | 只看该作者 Only view this author
mettlyz 发表于 2021-11-2 13:41
这次提示我说是没有xtb软链接不可用

ln软链接的时候xtb的路径是相对路径还是绝对路径,路径是对的吗?

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发表于 Post on 2021-11-3 09:34:37 | 只看该作者 Only view this author
otool_xtb 指向xtb,不是指向目录

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发表于 Post on 2022-7-17 16:08:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-11-2 12:29
看输出文件里的内容,这是遇到所有问题时第一个应该想到的事情

卢老师,我使用amber+orca进行QM/MM MD, 使用GFN2-xTB, 可以正常运行,设置了num_threads=12,但是在计算的过程中发现orca只单核计算。但是用DFT(比如b3lyp/6-31G*)可以正常按num_threads设置的核数跑。这个问题是orca调用xtb程序,本身就只能单核运算吗?谢谢老师。
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发表于 Post on 2022-7-17 17:36:24 | 只看该作者 Only view this author
yjb 发表于 2022-7-17 09:08
卢老师,我使用amber+orca进行QM/MM MD, 使用GFN2-xTB, 可以正常运行,设置了num_threads=12,但是在计算 ...

你是怎么判断orca是单核计算的?
有两个问题不知道你有没有考虑到:(1)在xtb计算的时候,orca进程是空闲的,只有xtb进程在工作,所以如果你只看了orca进程,可能就会发现只占了一个核,甚至连一个核都没占到;(2)xtb程序是OpenMP并行的,所以top、ps aux的时候只显示一行,不像orca这种MPI并行的程序那样,几核并行就显示几行。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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发表于 Post on 2022-7-17 18:05:19 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-7-17 17:36
你是怎么判断orca是单核计算的?
有两个问题不知道你有没有考虑到:(1)在xtb计算的时候,orca进程是空 ...

老师,我的表述可能有误,orca是并行计算的,就是所有并行加起来可能只用了一个核不到。非常感谢老师您的指导。
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发表于 Post on 2022-7-17 19:39:28 | 只看该作者 Only view this author
yjb 发表于 2022-7-17 11:05
老师,我的表述可能有误,orca是并行计算的,就是所有并行加起来可能只用了一个核不到。非常感谢老师您的 ...

所以你看的是orca进程还是xtb进程?orca进程占了不到一个核是合理的,因为本来主要计算就不是orca主程序做的。如果xtb用了不到一个核,那才是不正常的现象,但xtb只有一个进程,无所谓“所有并行加起来”。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-7-17 19:55:31 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-7-17 19:39
所以你看的是orca进程还是xtb进程?orca进程占了不到一个核是合理的,因为本来主要计算就不是orca主程序 ...

我是看到节点上top显示出来的%CPU,orca进程占了不到一个核,xtb显示 %CPU经常保持在50。
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