蛋白质-配体分子复合物的动力学模拟grompp步骤出错

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发布时间: 2021-11-10 11:23

各位老师好，我最近在做蛋白质跟配体分子复合物的动力学模拟，已通过pdb2gmx与acpype分别产生了蛋白与配体的拓扑文件，现在试图在体系拓扑文件中包含配体分子的拓扑文件。将配体蛋白的itp文件引入到top文件，设置分 ...

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uenh1998 发表于 Post on 2021-11-10 16:28:17

牧生发表于 2021-11-10 11:27
和我以前一样的错误。需要将atomtype里面的内容，剪切到ffnonbonded.itp里面相同的位置。
http://bbs.kein ...

感谢指导，问题已解决，我把itp放到拓扑文件前面引用即可

牧生 发表于 Post on 2021-11-10 11:27:44

本帖最后由牧生于 2021-11-10 12:36 编辑

和我以前一样的错误。需要将atomtype里面的内容，剪切到ffnonbonded.itp里面相同的位置。
http://bbs.keinsci.com/thread-19761-1-1.html 第四楼

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