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求助,pdb2gmx过程中报错Incomplete ring in HIS367

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发布时间: 2021-11-15 15:39

正文摘要:

如题,选择的gromacs版本为支持AVX2版的gmx2020.6版本,蛋白质为rcsb数据库下载,并进行了去水与去除配体等处理,力场选用为charmm36-feb2021.ff在进行pdb2gmx过程中,弹出如下提示: 求问: 1.如何确认蛋白质 ...

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sobereva 发表于 Post on 2021-11-17 02:12:21
言葉似風 发表于 2021-11-16 09:31
谢谢sob老师,在查询其他帖子时,发现使用spbdv同样可以对蛋白质进行修复,尝试之后发现可以成功修复,那 ...

都一样
言葉似風 发表于 Post on 2021-11-16 09:31:48
sobereva 发表于 2021-11-15 23:28
在VMD等可视化程序里肉眼看看HIS367是否缺原子,如果是,通过WHAT IF在线服务器、PDB2PQR在线服务器等都可 ...

谢谢sob老师,在查询其他帖子时,发现使用spbdv同样可以对蛋白质进行修复,尝试之后发现可以成功修复,那么相较于sob老师您提到的WHAT IF与PDB2PQR,谁的结果精确度更高呢?谢谢老师。
sobereva 发表于 Post on 2021-11-15 23:28:08
在VMD等可视化程序里肉眼看看HIS367是否缺原子,如果是,通过WHAT IF在线服务器、PDB2PQR在线服务器等都可以修补。

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