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[GROMACS] 求助,pdb2gmx过程中报错Incomplete ring in HIS367

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如题,选择的gromacs版本为支持AVX2版的gmx2020.6版本,蛋白质为rcsb数据库下载,并进行了去水与去除配体等处理,力场选用为charmm36-feb2021.ff在进行pdb2gmx过程中,弹出如下提示:

经查询后,发现可能是蛋白质结构不完整,尝试采用chimera1.13.1版进行修复,但未发现缺失残基的红框,修复失败。(chainB也未发现缺失)

求问:
1.如何确认蛋白质链具体何处不完整?
2.如何对其进行修复?

3uiv.rar

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发表于 Post on 2021-11-15 23:28:08 | 只看该作者 Only view this author
在VMD等可视化程序里肉眼看看HIS367是否缺原子,如果是,通过WHAT IF在线服务器、PDB2PQR在线服务器等都可以修补。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-16 09:31:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-11-15 23:28
在VMD等可视化程序里肉眼看看HIS367是否缺原子,如果是,通过WHAT IF在线服务器、PDB2PQR在线服务器等都可 ...

谢谢sob老师,在查询其他帖子时,发现使用spbdv同样可以对蛋白质进行修复,尝试之后发现可以成功修复,那么相较于sob老师您提到的WHAT IF与PDB2PQR,谁的结果精确度更高呢?谢谢老师。

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发表于 Post on 2021-11-17 02:12:21 | 只看该作者 Only view this author
言葉似風 发表于 2021-11-16 09:31
谢谢sob老师,在查询其他帖子时,发现使用spbdv同样可以对蛋白质进行修复,尝试之后发现可以成功修复,那 ...

都一样
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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