大佬 超算上的singulairy应当如何使用呢

nianbin 发表于 2023-4-11 22:01
很是奇怪，我使用root用户，把sif文件放入/root/software/文件夹，然后执行singularity exec /root/softwar ...

Try /tmp.
Any way, do not use root user.

很是奇怪，我使用root用户，把sif文件放入/root/software/文件夹，然后执行singularity exec /root/software/orca**.sif test.inp 提示我找不到输入文件，但是我输入文件分明就在工作目录

Freeman 发表于 2023-3-16 16:26
老哥什么时候加入一下orca_5.0.4。非常感谢！

Updated.
Please check the original BaiduShare link to download the file.

Good luck.

^_^

Caroline2022 发表于 2023-3-20 14:16
Sob老师，通过这样方式安装的ORCA可以被Molclus调用么？

不知道，自己尝试
本身按照下文以一般方式安装也一点不麻烦
量子化学程序ORCA的安装方法
http://sobereva.com/451（http://bbs.keinsci.com/thread-11697-1-1.html）

sobereva 发表于 2021-11-17 02:23
主要是ORCA官方需要对下载量进行统计，所以最好在贴子里补充一句应当先以正规方式去官网下载一次，当之后安 ...

Sob老师，通过这样方式安装的ORCA可以被Molclus调用么？

Freeman 发表于 2023-3-16 16:26
老哥什么时候加入一下orca_5.0.4。非常感谢！

下周吧. 下周就不用上课了. 就有闲工夫了.

老哥什么时候加入一下orca_5.0.4。非常感谢！

abin 发表于 2021-11-16 18:11
我提供的是通过别的方案重新打包的版本。里面的ORCA本体, 也是来自德国站点的原汁原味的东西,
我仅仅打 ...

牛

lishen123 发表于 2022-7-15 20:32
root怎么设置

https://gitee.com/hpc4you/linux

这里有说明.
无需root权限也可以搞定.

既然, 能看到非root怎么搞,
那么root用户也类似了.

root怎么设置

plus 发表于 2022-4-1 09:52
不知道效率如何

建议直接写一个shell自动安装脚本，比singulairty权限低，一样很方便

如果质疑容器方案会降低运行效率,
那么, 我们应该去嘲讽当今互联网公司都是外行管内行, 实际, 现今的互联网公司, 绝大多数网络应用都是采用docker容器技术方案,
如果效率差劲, 视“效率就是金钱”的互联网公司, 是绝对不会使用这种技术方案的.

从原理层面, 容器技术方案和虚拟机不同, 具体的差异,
期待有闲工夫的计算机专业人员来解读吧.
鄙人未曾研修过任何计算机专业知识, 说不明白.

关于一键脚本,
比如dalton,
其实官方的说明很简单,
git clone  XXX
cd dalton
./setup
make
make install要不要脚本都一样, 照着敲一边就搞定了.
可是, 实际情形是, 好多人, 没有搞定.

既然这么简单的都搞不定,
那就不给亲自动手, 亲自实施的机会了.
直接做成下载就用, 中间环节全省略.
这应该比一键脚本更加方便.


当然, dalton官方也是提供容器镜像的, 不过需要自己docker build呢.

使用容器方案, 只是我比较喜欢的策略.
当然了, 最佳的方案应该是分享Dockerfile, 对方自己build一下.

这又涉及到网络是否稳定, 能否git clone, 当然也需要自己安装docker工具链(需要root).
那就把所有的等待, 等归结到下载环节吧,
而且这种下载环节, 是无需任何电脑技术, 都会的.
从百度共享下载总能搞定吧?

之前, 兴致勃勃使用阿里云盘, 速度就是快呀.
不过, 阿里, 认为tar.gz, SIF等不认识的, 统统严禁共享, 这玩意还怎么用?
阿里, 默认分享常见的文件, 比如文本, 照片, 视频....

不知道效率如何

建议直接写一个shell自动安装脚本，比singulairty权限低，一样很方便