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Fe催化的一个偶联反应的过渡态搜寻,老是不收敛(已解决)

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发布时间: 2022-3-17 09:31

正文摘要:

本帖最后由 yukinolike 于 2022-3-23 08:07 编辑 最近做一个Fe催化的一个偶联,这个反应如图,是要寻找2到3之间的过渡态Ts1,我刚开始算的第一个,从算好的振动方向来看,优化步骤中间就是过渡态,但是因为最后不 ...

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Accelerator 发表于 Post on 2022-4-27 11:39:16
先固定和反应坐标有关的键长进行限制性优化,确认得到所需要的虚频后,再放开所有自由度寻找过渡态。
原子转移反应通常需要固定两根键长才容易得到比较好的初猜,例如固定C-H和N-H距离均在1.3 A左右。
yu0117153157 发表于 Post on 2022-4-20 10:12:11
学习了
yukinolike 发表于 Post on 2022-3-23 08:06:51
北大-陶豫 发表于 2022-3-17 11:17
去掉甲基找到过渡态,再把它反应中心的几何参数照搬到你的实际体系,会是很好的过渡态初猜。

谢谢你 已经找到啦 初猜结构非常完美

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北大-陶豫 + 2 很好

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sobereva 发表于 Post on 2022-3-18 07:21:55
yukinolike 发表于 2022-3-17 16:12
没用过这个基组,请问你们基组知识都是从各种文献里面学习的嘛,我才刚接触计算,感觉有一堆东西要看

谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html
基组入门资料小合集 http://bbs.keinsci.com/thread-2190-1-1.html

另外,我在北京科音的初级和量子化学培训班里全面讲基组的知识
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355http://bbs.keinsci.com/thread-4447-1-1.html

以后发帖时注意标题必须详细具体,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html,不要用“过渡态搜寻,老是不收敛”这种不够具体的标题,给你改了。
snljty 发表于 Post on 2022-3-17 19:49:32
fatpig 发表于 2022-3-17 15:06
如果是我的话,那就会这样做:
a,选用def2-svp基组,理论上比6-31g系列好一些;
b,先确认体系是不是sin ...

a真不一定,def2-SVP可能比6-31G**精度高一些,但是不够稳健。我已经遇到过三四个常见有机分子,某些二面角def2-SVP定性错误了。比如取代的苯胺、丙酮、连噻吩这些体系都有明显的问题。考虑到Pople基组在Gaussian里还能利用SP壳层有轻微的加速,个人建议在Gaussian里2-zeta基组还是6-31G*(或者需要给氢加极化的时候6-31G**)
sai77 发表于 Post on 2022-3-17 19:29:56
yukinolike 发表于 2022-3-17 16:12
没用过这个基组,请问你们基组知识都是从各种文献里面学习的嘛,我才刚接触计算,感觉有一堆东西要看

《谈谈量子化学中基组的选择》
http://sobereva.com/336
wzkchem5 发表于 Post on 2022-3-17 16:49:30
本帖最后由 wzkchem5 于 2022-3-17 09:51 编辑
yukinolike 发表于 2022-3-17 09:02
哦好的,我老师装了两个的。但是这个是可以这两个连着写吗,像是(opt=calcfc,recalc=5),还是只用写一个r ...

如果要一起写的话,应该是opt=(calcfc,recalc=5),opt=要写在括号外面。当然正如你楼下所说,用recalc时不用写calcfc,但是假如碰到其他的关键词确实要一起写的情形,要注意哪些写在括号里,哪些写在括号外
yukinolike 发表于 Post on 2022-3-17 16:12:32
fatpig 发表于 2022-3-17 15:06
如果是我的话,那就会这样做:
a,选用def2-svp基组,理论上比6-31g系列好一些;
b,先确认体系是不是sin ...

没用过这个基组,请问你们基组知识都是从各种文献里面学习的嘛,我才刚接触计算,感觉有一堆东西要看
yukinolike 发表于 Post on 2022-3-17 16:11:03
wzkchem5 发表于 2022-3-17 15:55
这个反应确定有势垒吗?有可能是实际上势垒等于0,导致过渡态不存在,所以才找不到

这个有过渡态的,我是在重复别人的计算工作,它就是不收敛。
sai77 发表于 Post on 2022-3-17 16:05:15
yukinolike 发表于 2022-3-17 16:02
哦好的,我老师装了两个的。但是这个是可以这两个连着写吗,像是(opt=calcfc,recalc=5),还是只用写一个r ...

只写recalc就行
yukinolike 发表于 Post on 2022-3-17 16:02:49
sai77 发表于 2022-3-17 16:00
很遗憾不行,g16才有的功能

哦好的,我老师装了两个的。但是这个是可以这两个连着写吗,像是(opt=calcfc,recalc=5),还是只用写一个recalc就够了
sai77 发表于 Post on 2022-3-17 16:00:48
yukinolike 发表于 2022-3-17 15:56
好的我试试,这个关键词recalc= 高斯09能用吗

很遗憾不行,g16才有的功能
yukinolike 发表于 Post on 2022-3-17 15:56:04
sai77 发表于 2022-3-17 10:51
结构是不是开始震荡了?
关键词试试recalc=3~5

好的我试试,这个关键词recalc= 高斯09能用吗
wzkchem5 发表于 Post on 2022-3-17 15:55:22
这个反应确定有势垒吗?有可能是实际上势垒等于0,导致过渡态不存在,所以才找不到

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