Fe催化的一个偶联反应的过渡态搜寻，老是不收敛（已解决）

yukinolike

最近做一个Fe催化的一个偶联，这个反应如图，是要寻找2到3之间的过渡态Ts1,我刚开始算的第一个，从算好的振动方向来看，优化步骤中间就是过渡态，但是因为最后不收敛报错了，我看了网上的方法后，提取最后一帧，其他计算方法都没变的情况下，就接着继续算，第二次的结果更不收敛了，而且没有看到反应振动。所以过渡态应该是在我的第一个计算里面，但是因为不收敛没法看到频率，也不知道虚频出现在哪个构象里面，所以恳请大佬求助。

GoldenBaby

别用B3LYP了，换比如PBE0之类的吧，B3LYP算过渡金属确实有点问题。

北大-陶豫

跟反应毫无关系的那些甲基建议去掉，这样过渡态会好找很多。去掉甲基找到过渡态，再把它反应中心的几何参数照搬到你的实际体系。

yukinolike

北大-陶豫 发表于 2022-3-17 10:24
跟反应毫无关系的那些甲基建议去掉，这样过渡态会好找很多。去掉甲基找到过渡态，再把它反应中心的几何参数 ...

去掉之后，不会影响它原本优化后的几何结构嘛，感觉之后计算的结果可能有差异呀。或者你是说用去掉以后的结构进行更好的初猜呢？

sai77

结构是不是开始震荡了？
关键词试试recalc=3~5

http://sobereva.com/164

北大-陶豫

yukinolike 发表于 2022-3-17 10:35
去掉之后，不会影响它原本优化后的几何结构嘛，感觉之后计算的结果可能有差异呀。或者你是说用去掉以后的 ...

去掉甲基找到过渡态，再把它反应中心的几何参数照搬到你的实际体系，会是很好的过渡态初猜。

fatpig

如果是我的话，那就会这样做：
a，选用def2-svp基组，理论上比6-31g系列好一些；
b，先确认体系是不是singlet，含Fe阳离子的体系是triplet或quintet的可能性应该更大；
c，如果不是singlet，那么第一步是先做单点，加stable=opt确保波函数稳定性；
d，第二步读取第一步的稳定波函数直接算freq，freq的作用和你的calcfc类似，但可以看到振动模式；
e，确认算出来的最大虚频是你需要的后，第三步用readfc读取第二步中freq的力常数，开始opt。

RAL

fatpig 发表于 2022-3-17 15:06
如果是我的话，那就会这样做：
a，选用def2-svp基组，理论上比6-31g系列好一些；
b，先确认体系是不是sin ...

虽然但是，def2系列在double-zeta级别不比Pople基组好，到triple-zeta及以上才能体现出明显优势

wzkchem5

这个反应确定有势垒吗？有可能是实际上势垒等于0，导致过渡态不存在，所以才找不到

yukinolike

sai77 发表于 2022-3-17 10:51
结构是不是开始震荡了？
关键词试试recalc=3~5

好的我试试，这个关键词recalc= 高斯09能用吗

sai77

yukinolike 发表于 2022-3-17 15:56
好的我试试，这个关键词recalc= 高斯09能用吗

很遗憾不行，g16才有的功能

yukinolike

sai77 发表于 2022-3-17 16:00
很遗憾不行，g16才有的功能

哦好的，我老师装了两个的。但是这个是可以这两个连着写吗，像是(opt=calcfc,recalc=5)，还是只用写一个recalc就够了

sai77

yukinolike 发表于 2022-3-17 16:02
哦好的，我老师装了两个的。但是这个是可以这两个连着写吗，像是(opt=calcfc,recalc=5)，还是只用写一个r ...

只写recalc就行

yukinolike

wzkchem5 发表于 2022-3-17 15:55
这个反应确定有势垒吗？有可能是实际上势垒等于0，导致过渡态不存在，所以才找不到

这个有过渡态的，我是在重复别人的计算工作，它就是不收敛。

yukinolike

fatpig 发表于 2022-3-17 15:06
如果是我的话，那就会这样做：
a，选用def2-svp基组，理论上比6-31g系列好一些；
b，先确认体系是不是sin ...

没用过这个基组，请问你们基组知识都是从各种文献里面学习的嘛，我才刚接触计算，感觉有一堆东西要看