sobereva 发表于 2022-3-24 14:58 好的好的谢谢sob老师 |
blankb 发表于 2022-3-23 19:23 写法和普通输入文件没有任何差异，仅仅把坐标部分替换成[GEOMETRY]就行了 |
sobereva 发表于 2022-3-22 08:14 感谢老师回复，现在已经找到问题了，重装openmpi就可以了，原因应该是在编译之前没有fortan那个程序，现在已经能正常计算了，另外想要请教sob老师一下，在调用gaussian的时候molclus文件夹中template.gif如果使用混合基组该怎么写啊，在外面正常运行的写法template这里就不能正常运行，格式是按照您在详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入 一文中看到输入的，是不是template有其他的输入方法呢 # B3LYP/gen em=GD3BJ opt freq Template file 0 1 [GEOMETRY] C H N 0 6-31G* **** Pd 0 S 1 1.00 4.8298298780D+05 1.0 S 1 1.00 |
blankb 发表于 2022-3-21 14:28 量子化学程序ORCA的安装方法 http://sobereva.com/451（http://bbs.keinsci.com/thread-11697-1-1.html） 此文说了ORCA并行运算必须写绝对路径 |
blankb 发表于 2022-3-21 14:28 明显有问题，检查你的输出文件。另外如果你的orca不是单核运算，应该orca指定完整路径，加入PATH是不够的。 |
sobereva 发表于 2022-3-21 07:03 现在就是把那个alias删除还有source那一句删除之后就正常了，gaussian把gv换到主目录之后删除alias就是正常得了，现在已经排除问题了，gaussian没有问题就是计算的很慢之前关闭太早了，在自己电脑运行的应该是配置低导致的， |
blankb 发表于 2022-3-20 20:20 我的教程不可能有错误，只看你没严格按照教程做，或者干了多余的事 将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析 http://sobereva.com/421（http://bbs.keinsci.com/thread-10106-1-1.html） 此文里哪让你用alias了？没有严格照着教程做，就别赖教程。你但凡知道PATH环境变量干什么的、我的教程里为什么那么设置PATH环境变量，就自然知道为什么按我的教程配置完了之后xtb命令一定能用。 alias对于程序里面的调用又不可能生效，怎么可能通过设alias令molclus能调用成功xtb？ 别随便乱看网上其它地方的教程，很都有明显错误或者不合理性。 另外，你的Gaussian安装方法也不当，做了多余的事。该怎么装看 Gaussian的安装方法及运行时的相关问题 http://sobereva.com/439（http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html） |
snljty 发表于 2022-3-20 21:06 谢谢老师我刚刚试了一下，把source----config_env.bash这一行去掉之后运行就正常了，莫名其妙的错误，可能是有冲突吧，删掉之后我特意重启了一下验证没有输入source之类的命令就能正常运行 |
blankb 发表于 2022-3-20 20:20 那两行alias没用，source了那个config_env.bash即可，xtb会被自动加入PATH。换一个没有中文名的路径再试试。强烈不推荐把这些环境变量都写进.bashrc一起加载，冲突概率极大。我记得你写的这些里面就有冲突。 ulimit不要写两遍。要么用Environment Module管理，要么改成一堆bash脚本，每次用哪个source哪个，用完了退出重新登录。要么你把这一堆全都注释掉，每次用哪个就取消哪个的注释，退出重新登录，算完了在注释掉，退出重新登录。 |
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提示写了，xtb: not found，显然就是xtb没配置好，否则不可能按照当前屏幕上提示的命令运行时无法调用xtb。截图里没有体现调用Gaussian的情况，没法说。 molclus调用所有外部程序时候用的命令都显示得清清楚楚，结合提示必然能解决。 |
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