fwan1006 发表于 2022-3-22 10:27
此外，有的时候体系在400多K的温度下模拟的时候会有分子碎裂但是把模拟温度调到300多K的时候却又能正常的 ...

还是拓扑文件内容或参数不合理。靠谐振势维持的键，没理由高温下会断

sobereva 发表于 2022-3-21 14:00
纯物质没问题，说明单分子拓扑信息应当没问题，而出在混合上。仔细看grompp时候屏幕上的提示，看是否拓扑文 ...

此外，有的时候体系在400多K的温度下模拟的时候会有分子碎裂但是把模拟温度调到300多K的时候却又能正常的跑完NVT了，这可能是什么原因啊老师？

牧生 发表于 2022-3-21 15:46
这个坑我踩过。主要问题出在你的这些步骤上

解决办法：上传一个物质到ligpargen以后，要同时使用ligparg ...

谢谢！你的意思是用它产生的gro文件用gromacs转成pdb再拿去用packmol生成初始盒子吗？
我之前只做直链烷烃的混合物的时候按我之前的流程走没有出现问题，主要的区别是那些分子的mol文件全是网上数据库下的，没有自己画的结构。
再谢！

这个坑我踩过。主要问题出在你的这些步骤上

1. 自行构建了一系列分子的pdb结构、mol文件和itp文件，itp文件是用LigParGen在线生成的
   
2. mol文件有些网上数据库能找到的分子就是下载的
   
3. 有些没有的是自己用ChemDraw画的然后用MM2优化之后得到的结构，

复制代码

解决办法：上传一个物质到ligpargen以后，要同时使用ligpargen服务器给出的itp和gro来进行模拟，这二者中的原子顺序才能对应起来的。

纯物质没问题，说明单分子拓扑信息应当没问题，而出在混合上。仔细看grompp时候屏幕上的提示，看是否拓扑文件原子顺序与结构文件不对应之类的