求助：gromacs模拟混合物体系时总是会有分子碎裂

fwan1006 · 发表于 Post on 2022-3-21 13:43:34

老师们好，求助一个问题，我想用OPLSAA力场模拟石油体系分子混合物的性质，自行构建了一系列分子的pdb结构、mol文件和itp文件，itp文件是用LigParGen在线生成的（不知道用这个工具生成itp文件是否合适？），链接是http://zarbi.chem.yale.edu/ligpargen/index.html， mol文件有些网上数据库能找到的分子就是下载的，有些没有的是自己用ChemDraw画的然后用MM2优化之后得到的结构，具体分子大致包括一些环烷烃、芳香烃、链烷烃，就像下图一样：

然后对于一些沸点差异较大的分子，我会加上一定长度的侧链确保他们的液态体系温度相近保证模拟的时候分子不会气化。但是在模拟的过程中在能量最小化之后的nvt预平衡过程中总会有一些分子会碎裂，出现LINCS warning的问题，像下面这样，而且重复模拟的时候每次碎裂的分子可能会不同；

但是，我模拟以上各种物质的纯物质体系的时候又不会出现这个问题，所以我想问下可能是哪里出了问题？是不是部分分子的拓扑结构itp文件有问题？用LigParGen生成不太好？或者是ChemDraw和MM2优化出来的结构不够准确？还是其他的一些模拟上的我不太清楚的细节问题？
我所用的em.mdp和nvt1.mdp给老师们附在这，请老师们帮帮忙指点一下！多谢！

sobereva · 发表于 Post on 2022-3-21 14:00:57

纯物质没问题，说明单分子拓扑信息应当没问题，而出在混合上。仔细看grompp时候屏幕上的提示，看是否拓扑文件原子顺序与结构文件不对应之类的

牧生 · 发表于 Post on 2022-3-21 15:46:07

这个坑我踩过。主要问题出在你的这些步骤上

自行构建了一系列分子的pdb结构、mol文件和itp文件，itp文件是用LigParGen在线生成的
mol文件有些网上数据库能找到的分子就是下载的
有些没有的是自己用ChemDraw画的然后用MM2优化之后得到的结构，

复制代码

解决办法：上传一个物质到ligpargen以后，要同时使用ligpargen服务器给出的itp和gro来进行模拟，这二者中的原子顺序才能对应起来的。

fwan1006 · 发表于 Post on 2022-3-21 16:27:38

sobereva 发表于 2022-3-21 14:00
纯物质没问题，说明单分子拓扑信息应当没问题，而出在混合上。仔细看grompp时候屏幕上的提示，看是否拓扑文 ...

在grompp过程中最明显的和以往的不同是出现了这些情况，不过没有报错，我也不太清楚这到底意味着什么，是不是原因所在，再请老师帮忙看一下！

其他都是一些原子名称没对上什么的正常的warning。体系在能量最小化的过程中没有出错，就是做NVT的时候分子会碎开。
多谢老师

fwan1006 · 发表于 Post on 2022-3-21 16:30:32

牧生发表于 2022-3-21 15:46
这个坑我踩过。主要问题出在你的这些步骤上

解决办法：上传一个物质到ligpargen以后，要同时使用ligparg ...

谢谢！你的意思是用它产生的gro文件用gromacs转成pdb再拿去用packmol生成初始盒子吗？
我之前只做直链烷烃的混合物的时候按我之前的流程走没有出现问题，主要的区别是那些分子的mol文件全是网上数据库下的，没有自己画的结构。
再谢！

fwan1006 · 发表于 Post on 2022-3-22 10:27:44

sobereva 发表于 2022-3-21 14:00
纯物质没问题，说明单分子拓扑信息应当没问题，而出在混合上。仔细看grompp时候屏幕上的提示，看是否拓扑文 ...

此外，有的时候体系在400多K的温度下模拟的时候会有分子碎裂但是把模拟温度调到300多K的时候却又能正常的跑完NVT了，这可能是什么原因啊老师？

sobereva · 发表于 Post on 2022-3-23 08:06:24

fwan1006 发表于 2022-3-22 10:27
此外，有的时候体系在400多K的温度下模拟的时候会有分子碎裂但是把模拟温度调到300多K的时候却又能正常的 ...

还是拓扑文件内容或参数不合理。靠谐振势维持的键，没理由高温下会断

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