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求助：蛋白与小分子的MD用来验证分子对接的合理性，能量最小化时报错显示原子重叠

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sun877469558

发布时间: 2022-3-26 16:30

正文摘要:

本帖最后由 sun877469558 于 2022-3-26 18:38 编辑在使用MOE对蛋白与小分子分子对接后，有两个潜在的合理姿态分别编号为pose1和pose2，想要通过MD验证合理性，使用MCPB.py构建两个对接姿态各自的金属离子参数， ...

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sobereva 发表于 Post on 2022-3-27 11:05:56

按照这里说的仔细检查http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ8

sun877469558 发表于 Post on 2022-3-27 01:14:47

yjb 发表于 2022-3-26 23:50
建议先把结构优化一下

请问您指的在什么阶段优化？指对接前对小分子的结构优化么？

yjb 发表于 Post on 2022-3-26 23:50:59

建议先把结构优化一下

sun877469558 发表于 Post on 2022-3-26 17:04:21

另外，5810和5819原子也并没有和溶剂水分子重合，google发现有其他研究者遇到了同样的问题，

I had the same problem, and upon visual inspection, parameters/coordinates look fine, but in EM, they acquire an unusual bonding pattern. Later, I refined these things and simulated the complex successfully...

需要重新准备gro文件和top文件来解决么？

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