求助：蛋白与小分子的MD用来验证分子对接的合理性，能量最小化时报错显示原子重叠

sun877469558

在使用MOE对蛋白与小分子分子对接后，有两个潜在的合理姿态分别编号为pose1和pose2，想要通过MD验证合理性，使用MCPB.py构建两个对接姿态各自的金属离子参数，然后用GROMACS跑，其中编号以pose2的姿态进行一系列操作后能够正常进行模拟，但是编号pose1却在能量最小化时出现

Steepest Descents:
   Tolerance (Fmax)   =  1.00000e+03
   Number of steps    =        50000
Step=    0, Dmax= 1.0e-02 nm, Epot=  6.71345e+30 Fmax= 8.76006e+06, atom= 5810
Step=    1, Dmax= 1.0e-02 nm, Epot=  2.11041e+16 Fmax=         inf, atom= 5819
Step=   15, Dmax= 1.5e-06 nm, Epot=  2.11041e+16 Fmax=         inf, atom= 5819
Energy minimization has stopped because the force on at least one atom is not
finite. This usually means atoms are overlapping. Modify the input
coordinates to remove atom overlap or use soft-core potentials with the free
energy code to avoid infinite forces.
You could also be lucky that switching to double precision is sufficient to
obtain finite forces.



于是肉眼检查了原子5810和5819，分别是我的小分子的一个C和H，但是观察不出来有啥不合理呀


那么请问这除了观察初始结构合理性，还能怎么做呀？或者是这个初始pose1姿态本身就不合理？根本不需要动力学去验证?

sun877469558

另外，5810和5819原子也并没有和溶剂水分子重合，google发现有其他研究者遇到了同样的问题，

I had the same problem, and upon visual inspection, parameters/coordinates look fine, but in EM, they acquire an unusual bonding pattern. Later, I refined these things and simulated the complex successfully...

需要重新准备gro文件和top文件来解决么？

yjb

建议先把结构优化一下

sun877469558

yjb 发表于 2022-3-26 23:50
建议先把结构优化一下

请问您指的在什么阶段优化？指对接前对小分子的结构优化么？

sobereva

按照这里说的仔细检查http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ8