丁越 发表于 2022-5-11 08:26
你看看TCL语法中puts是怎么用的，显然不是这么接的。
set numframe [molinfo top get numframes]
set a ...

谢谢老师的批评指正！
我回去再好好学习一下TCL语法

吞木木 发表于 2022-4-30 14:46
老师你好，我写了几行tcl的代码，但是他报错很离谱，您能抽时间帮忙看一下怎么改吗？

set numframe [m ...

你看看TCL语法中puts是怎么用的，显然不是这么接的。
set numframe [molinfo top get numframes]
set a [atomselect top "same fragment as {element N} && numbonds=2"]
set fileid [open num.dat w]
for {set i 0} {$i <= $numframe} {incr i 1} {
   $a frame $i      
animate goto $i
  mol bondsrecalc all
    topo retypebonds
   $a update
   set N [$a num]
  puts $fileid "$i \t [expr double($N)/3]"
}
close $fileid

[expr double($N)/3]"除以3是我假设你的每个分子片段有三个原子

sobereva 发表于 2022-3-28 10:35
还要注意在脚本中循环时必须实时更新连接关系，参考下文里的相关命令
VMD初始化文件(vmd.rc)我的推荐设置
...

谢谢卢天老师的回复

丁越 发表于 2022-3-27 22:32
same fragment as {element C} && numbonds=1 CO
same fragment as {element C} && numbonds=4 CH4
same  ...

谢谢丁老师的回复

还要注意在脚本中循环时必须实时更新连接关系，参考下文里的相关命令
VMD初始化文件(vmd.rc)我的推荐设置
http://sobereva.com/545（http://bbs.keinsci.com/thread-16834-1-1.html）

same fragment as {element C} && numbonds=1 CO
same fragment as {element C} && numbonds=4 CH4
same fragment as {element C} && numbonds=2 CO2
same fragment as {element O} && numbonds=2 H2O
same fragment as {element O} && numbonds=1 && not same fragment as {element C} O2
按照上述片段选择就可以定义CO、CH4、CO2等了，然后通过for循环统计每帧的片段数目就行了