盒子在MD中不收敛求助：纯mCP分子

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发布时间: 2022-3-28 12:26

本帖最后由 XWQinFUNSOM 于 2022-3-28 12:27 编辑我在研究mCP分子时用acpype.py得到mCP分子的拓扑文件后建立了一个5*5*5立方纳米的盒子，在填充了73个分子后跑了一段MD，结果发现盒子严重不收敛。想求助一下各位 ...

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XWQinFUNSOM 发表于 Post on 2022-3-28 16:48:44

ggdh 发表于 2022-3-28 14:40
你这盒子怎么还越跑越大了?感觉是不是参数不对啊

您说的参数是指.mdp文件还是.itp文件啊？我之前用相同的.mdp文件跑别的分子的MD还是可以正常跑下来的，但是用到了这个分子上就会把盒子给变大了。

ggdh 发表于 Post on 2022-3-28 14:40:13

你这盒子怎么还越跑越大了?感觉是不是参数不对啊

XWQinFUNSOM 发表于 Post on 2022-3-28 13:19:31

sobereva 发表于 2022-3-28 12:47
才60ps着什么急
预平衡过程不要用PR压浴，这是基本常识

好的，sob老师，那我先用Berendsen压浴跑一段时间，然后平衡后再加大时间跑一个PR的MD。

sobereva 发表于 Post on 2022-3-28 12:47:54

才60ps着什么急
预平衡过程不要用PR压浴，这是基本常识

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