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[GROMACS] 盒子在MD中不收敛求助:纯mCP分子

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本帖最后由 XWQinFUNSOM 于 2022-3-28 12:27 编辑

我在研究mCP分子时用acpype.py得到mCP分子的拓扑文件后建立了一个5*5*5立方纳米的盒子,在填充了73个分子后跑了一段MD,结果发现盒子严重不收敛。想求助一下各位老师这个问题该怎么解决。

mCP.png (22.47 KB, 下载次数 Times of downloads: 29)

mCp

mCp

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md.mdp

mCP.itp

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发表于 Post on 2022-3-28 12:47:54 | 只看该作者 Only view this author
才60ps着什么急
预平衡过程不要用PR压浴,这是基本常识
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-28 13:19:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-28 12:47
才60ps着什么急
预平衡过程不要用PR压浴,这是基本常识

好的,sob老师,那我先用Berendsen压浴跑一段时间,然后平衡后再加大时间跑一个PR的MD。

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发表于 Post on 2022-3-28 14:40:13 | 只看该作者 Only view this author
你这盒子怎么还越跑越大了?感觉是不是参数不对啊

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-28 16:48:44 | 只看该作者 Only view this author
ggdh 发表于 2022-3-28 14:40
你这盒子怎么还越跑越大了?感觉是不是参数不对啊

您说的参数是指.mdp文件还是.itp文件啊?我之前用相同的.mdp文件跑别的分子的MD还是可以正常跑下来的,但是用到了这个分子上就会把盒子给变大了。

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