计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 分子模拟 (Molecular Modeling) › 求助：怎么计算每个水的氢键数目

求助：怎么计算每个水的氢键数目

查看数: 5940 | 评论数: 9 | 收藏 Add to favorites 4

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

帖子模式

xjw

发布时间: 2022-4-14 16:46

正文摘要:

本帖最后由 xjw 于 2022-4-15 08:08 编辑各位老师好，我想计算纯水中每个水分子的氢键数目，我使用gmx hbond -f md-w.trr -s md.tpr -num hbond_num.xvg -life hbond_life.xvg -nhbdist perH_bondnum.xvg -b 400 ...

回复 Reply

xjw 发表于 Post on 2022-4-17 08:39:13

sobereva 发表于 2022-4-17 03:09
VMD的选择语句里不选上虚拟点就完了

好的。谢谢老师

sobereva 发表于 Post on 2022-4-17 03:09:03

xjw 发表于 2022-4-16 10:57
嗯嗯，三点水模型是正常的，应该是统计了虚拟点，这种情况是改用三点水模型嘛

VMD的选择语句里不选上虚拟点就完了

xjw 发表于 Post on 2022-4-16 10:57:31

sobereva 发表于 2022-4-15 19:54
你先看三点水模型时统计结果是否相同。说不定VMD判断氢键时也考虑了虚拟点
另外，VMD没法统计跨盒子氢键

嗯嗯，三点水模型是正常的，应该是统计了虚拟点，这种情况是改用三点水模型嘛

sobereva 发表于 Post on 2022-4-15 19:54:20

xjw 发表于 2022-4-15 09:09
老师，我使用四点水模型（OPC）计算纯水的氢键，最后发现使用gmx hbond和vmd自带的氢键统计插件的结果由 ...

你先看三点水模型时统计结果是否相同。说不定VMD判断氢键时也考虑了虚拟点
另外，VMD没法统计跨盒子氢键

xjw 发表于 Post on 2022-4-15 08:06:36

本帖最后由 xjw 于 2022-4-15 08:08 编辑

sobereva 发表于 2022-4-15 04:23
引用我的ppt的时候不得把顶端的北京科音的版权信息截掉！

好的，是我疏忽了，已重新上传图片

xjw 发表于 Post on 2022-4-15 08:06:12

sobereva 发表于 2022-4-15 05:06
“得到了每个水中氢的氢键数目，请问该怎么由这个数据得到我想要的每个水的氢键数目啊”明显前后矛盾的

...

知道了，谢谢老师

sobereva 发表于 Post on 2022-4-15 05:06:52

“得到了每个水中氢的氢键数目，请问该怎么由这个数据得到我想要的每个水的氢键数目啊”明显前后矛盾的

我的ppt里的hbnum.xvg是-num产生的，和-nhbdist是两码事

sobereva 发表于 Post on 2022-4-15 04:23:36

引用我的ppt的时候不得把顶端的北京科音的版权信息截掉！

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register