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[GROMACS] 求助:怎么计算每个水的氢键数目

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本帖最后由 xjw 于 2022-4-15 08:08 编辑

各位老师好,我想计算纯水中每个水分子的氢键数目,我使用gmx hbond -f md-w.trr -s md.tpr -num hbond_num.xvg -life hbond_life.xvg -nhbdist perH_bondnum.xvg -b 40000 -e 50000命令得到了每个水中氢的氢键数目,请问该怎么由这个数据得到我想要的每个水的氢键数目啊。
还有就是我想问下perH_bondnum.xvg中这列数据分别表示什么意思啊?我本来想按sob老师在求助-算“每个水分子的氢键数的分布”的脚本 - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社 (keinsci.com)这个帖子里面使用gmx analyze得到hbnum,然后用平均值计算每个水的氢键数目。但是算出来的值比老师算的低好多,如图二所示,老师的过程如图三。

202204141646223884..png (77.21 KB, 下载次数 Times of downloads: 19)

图1

图1

202204150807509889..png (172.36 KB, 下载次数 Times of downloads: 19)

图3

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202204141649456080..png (36.59 KB, 下载次数 Times of downloads: 30)

图2

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发表于 Post on 2022-4-15 04:23:36 | 只看该作者 Only view this author
引用我的ppt的时候不得把顶端的北京科音的版权信息截掉!


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发表于 Post on 2022-4-15 05:06:52 | 只看该作者 Only view this author
“得到了每个水中氢的氢键数目,请问该怎么由这个数据得到我想要的每个水的氢键数目啊”明显前后矛盾的

我的ppt里的hbnum.xvg是-num产生的,和-nhbdist是两码事
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-15 08:06:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-4-15 05:06
“得到了每个水中氢的氢键数目,请问该怎么由这个数据得到我想要的每个水的氢键数目啊”明显前后矛盾的

...

知道了,谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-15 08:06:36 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 xjw 于 2022-4-15 08:08 编辑
sobereva 发表于 2022-4-15 04:23
引用我的ppt的时候不得把顶端的北京科音的版权信息截掉!

好的,是我疏忽了,已重新上传图片

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-15 09:09:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-4-15 05:06
“得到了每个水中氢的氢键数目,请问该怎么由这个数据得到我想要的每个水的氢键数目啊”明显前后矛盾的

...

老师,我使用四点水模型(OPC)计算纯水的氢键,最后发现使用gmx hbond和vmd自带的氢键统计插件的结果由很大的差别(按老师您的参数设置的。3.5和43.1)请问这个为什么啊?
图一:gmx hbond的计算结果
图二:vmd计算结果
图三:vmd插件参数


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发表于 Post on 2022-4-15 19:54:20 | 只看该作者 Only view this author
xjw 发表于 2022-4-15 09:09
老师,我使用四点水模型(OPC)计算纯水的氢键,最后发现使用gmx hbond和vmd自带的氢键统计插件的结果由 ...

你先看三点水模型时统计结果是否相同。说不定VMD判断氢键时也考虑了虚拟点
另外,VMD没法统计跨盒子氢键
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-16 10:57:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-4-15 19:54
你先看三点水模型时统计结果是否相同。说不定VMD判断氢键时也考虑了虚拟点
另外,VMD没法统计跨盒子氢键

嗯嗯,三点水模型是正常的,应该是统计了虚拟点,这种情况是改用三点水模型嘛

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发表于 Post on 2022-4-17 03:09:03 | 只看该作者 Only view this author
xjw 发表于 2022-4-16 10:57
嗯嗯,三点水模型是正常的,应该是统计了虚拟点,这种情况是改用三点水模型嘛

VMD的选择语句里不选上虚拟点就完了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-17 08:39:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-4-17 03:09
VMD的选择语句里不选上虚拟点就完了

好的。谢谢老师

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