求助：Gromacs模拟离子液体气液体系，出现气体分子聚成团现象

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发布时间: 2022-4-15 14:13

各位老师好，我在模拟离子液体气液体系的时候出现了气体分子聚集成团的现象。我已经计算过很多不同的离子液体，每次计算的各种参数都是相同的，改变的只有阴阳离子的种类。其他的离子液体结果都很正常，气体分子 ...

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L-jun 发表于 Post on 2023-2-24 11:42:19

牧生发表于 2023-2-24 06:01
http://bbs.keinsci.com/thread-19761-1-1.html

我以前类似的错误

那请问怎么解决的呀，谢谢

牧生 发表于 Post on 2023-2-24 06:01:35

L-jun 发表于 2023-2-23 21:23
分开处理了之后，合并的时候出现了一大串的warning,说合并的top文件和pdb文件不匹配

L-jun 发表于 Post on 2023-2-23 21:23:43

牧生发表于 2023-2-23 20:55
http://sobereva.com/soft/Sobtop/

看FAQ 4：离子液体的拓扑文件怎么产生？阴阳离子合在一起处理还是 ...

分开处理了之后，合并的时候出现了一大串的warning,说合并的top文件和pdb文件不匹配

牧生 发表于 Post on 2023-2-23 20:55:36

L-jun 发表于 2023-2-23 20:13
你好，gromacs学习小白，想要请教一下是用构造离子液体的力场文件是直接将离子液体结构文件放进sobtop里， ...

http://sobereva.com/soft/Sobtop/

看FAQ 4：离子液体的拓扑文件怎么产生？阴阳离子合在一起处理还是分开处理？

L-jun 发表于 Post on 2023-2-23 20:13:31

你好，gromacs学习小白，想要请教一下是用构造离子液体的力场文件是直接将离子液体结构文件放进sobtop里，还是将离子液体的阴阳离子分别放进sobtop生成top与itp文件吗，若是后者请问怎么写离子液体的top文件呢

gromacser 发表于 Post on 2022-9-2 19:34:26

onlyzgkx 发表于 2022-9-2 09:13
没有，我不做ntf2的数据了，sob老师说的方法都试过了，效果不是很明显，你可以尝试更换力场试试。

onlyzgkx 发表于 Post on 2022-9-2 09:13:08

gromacser 发表于 2022-8-30 21:15
请问楼主解决了嘛，我也遇到同样的问题了

没有，我不做ntf2的数据了，sob老师说的方法都试过了，效果不是很明显，你可以尝试更换力场试试。

gromacser 发表于 Post on 2022-8-30 21:15:54

请问楼主解决了嘛，我也遇到同样的问题了

sobereva 发表于 Post on 2022-4-15 18:53:16

不像是bug
检查原子电荷和范德华参数的合理性，并且尝试更高的模拟温度

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