weixue 发表于 2022-5-14 09:00 http://bbs.keinsci.com/thread-29619-1-1.html 你试试MolAICal这个教程，或者使用官方教程的2.5和5.1部分算一下LogP: https://molaical.github.io/tutorial.html |
weixue 发表于 2022-5-14 13:08 ”如果离子完全电离的话，总体系的自由能等于各个离子的自由能之和“这是不言自明的，不需要用参考文献证明。至于你的体系是否真的是完全电离的，那可能需要用参考文献证明，但那个是你应该去查的，我不了解你的体系，也不可能找到相关的参考文献。 |
wzkchem5 发表于 2022-5-14 19:44 非常感谢您的回复，请问有具体参考文献吗 |
weixue 发表于 2022-5-14 11:53 对，直接优化单个的抗衡离子，然后把算出来的自由能乘以2，加到阳离子的自由能上去 |
wzkchem5 发表于 2022-5-14 18:48 您好，如果单独算的话，是直接优化抗衡离子吗？因为我的涉及到两个抗衡离子，两个的位置应该如何摆放。 |
weixue 发表于 2022-5-14 11:29 可以用molclus（http://www.keinsci.com/research/molclus.html）自动搜索抗衡离子的最优位置。如果实验上已知抗衡离子是完全电离的话，也可以单独算抗衡离子，把自由能加到阳离子的自由能上面 |
wzkchem5 发表于 2022-5-14 14:40 我想用这个公式，但是我的分子没有晶体结构，导致我抗衡离子的位置不知道如何加，如果不加，则算出来比实验值大10倍 |
weixue 发表于 2022-5-14 02:00 没有必要不用公式啊，这公式才一次减法一次除法，又不麻烦，干嘛不用？ 即使有软件可以不用这个公式来给你计算，那也是因为这个软件内部自动调用了这个公式，而不是因为这个软件可以不用这个公式。又因为这个公式也就是多按两次计算器的事，远比你学一种新的软件要容易，所以没必要只为了不用这个公式而去学其他软件。 |
weixue 发表于 2022-5-14 09:00 我不知。有一堆文章给出logP的经验公式，基本思想是用分子基团、极化率等参数做拟合，中性分子居多，对盐类的拟合好不好我不知道。 |
chands 发表于 2022-5-12 14:12 您好！假如我不用公式计算，有什么理论计算软件能够比较好的计算logP吗，主要是想和实验进行对应 |
wzkchem5 发表于 2022-5-12 14:53 您好！假如我不用公式计算，有什么理论计算软件能够比较好的计算logP吗，主要是想和实验进行对应 |
weixue 发表于 2022-5-12 11:08 这种情况不得重新发帖！ 别人提示后，有要补充的内容直接在回帖里发，如果没别人回复过直接编辑原帖！仔细看置顶的新社员必读贴 相同问题发两个帖子会严重扰乱论坛秩序！ 如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“采用公式计算分子的亲脂性logP”改了，以后务必注意，下次再违规扣分处理 |
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完全相同的问题，发两个主题帖子干嘛？这次扣50 eV予以警告处理。这次我把帖子合并了，下次再发现积分扣光 引用我的培训班ppt的时候不得把顶端的版权信息截掉 
已经把你帖子里的图片删除处理，下次再发现此行为将删帖处理 |
| 因为实验上这个阳离子在辛醇/水之间分配的时候，必然带着阴离子一起，不可能只有阳离子从一相跑到另一相而阴离子不动。所以实验测得的不是这个阳离子自己的logP，而是阳离子加上抗衡阴离子这个总体系的logP。所以计算必须考虑抗衡阴离子，其中如果已知抗衡阴离子基本是完全电离开的，那么应该单独算抗衡阴离子再把自由能加进来；如果已知抗衡阴离子基本是完全没有电离开的，那么应该把抗衡阴离子放在阳离子附近一块优化、一块算（这个要做得严格的话还涉及到构型搜索的问题） |
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