sobereva 发表于 2022-5-19 22:43 好的，非常感谢老师的解答 |
beijudw 发表于 2022-5-19 15:58 一起对比 通常能量低的都有内氢键，因为有内氢键能量才比其它的更低 |
sobereva 发表于 2022-5-18 22:09 老师，那搜寻构象的时候，是把所有结构能量都对比，还是说除开有内氢键的，还是说具体的看文献说明该物质是否存在内氢键？ |
北大-陶豫 发表于 2022-5-18 13:05 好的，我加上试试，谢谢 |
sobereva 发表于 2022-5-18 22:09 好的 谢谢老师 |
beijudw 发表于 2022-5-17 19:06 内氢键显然得考虑 画个IRI图就知道有没有内氢键存在 使用IRI方法图形化考察化学体系中的化学键和弱相互作用 http://sobereva.com/598（http://bbs.keinsci.com/thread-23457-1-1.html） 内氢键键能还能按下文的做法直接估计出来 透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度：一篇2019年JCC上的重要研究文章介绍 http://sobereva.com/513（http://bbs.keinsci.com/thread-14600-1-1.html） 内氢键存在与否对构象能量影响甚大，诸如下文做构象搜索得到的最稳定结构里就明显有内氢键 gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具 http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html |
| 这种有显著的氢键作用的体系，是不是加个 em=gd3bj 好些…… |
sobereva 发表于 2022-5-17 18:29 好的，谢谢sobereva老师 |
本帖最后由 beijudw 于 2022-5-17 18:48 编辑 妙角不脆 发表于 2022-5-17 18:01 好的，谢谢老师 |
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你当前计算级别对于做构象搜索根本不够，仔细看molclus相关帖子里的例子都用什么计算级别怎么做的构象搜索： 构型和构象搜索程序Molclus主页：http://www.keinsci.com/research/molclus.html 使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索 http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具 http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html 将Confab或Frog2与Molclus联用对有机体系做构象搜索 http://bbs.keinsci.com/thread-20063-1-1.html 使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索 http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html 并且仔细看此文了解怎么像样地算溶剂环境下的自由能 谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算 http://sobereva.com/327（http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html） 通常来说，找对溶液环境中最稳定的构象的难度比算准pKa更低。 以不理想的方式计算，极可能能量较高的构象恰好pKa和实验最接近，这纯属巧合性的错错得对，根本什么都说明不了。 鉴于你计算构象能量差用的计算级别都很不理想，pKa的计算合理性堪忧。 另外，最低一批构象自由能相近时，上面的人说的权重平均问题应当考虑。 |
beijudw 发表于 2022-5-17 17:56 0.6感觉还可以了，毕竟DFT的精度也没到那么高。还有可能不同的构象都有贡献，需要算个权重。 |
本帖最后由 beijudw 于 2022-5-17 17:58 编辑 妙角不脆 发表于 2022-5-17 17:35 符合实际实验的结构，计算pka是按照卢天老师那个计算pka的公式计算的，计算得到气态和溶液状态的AH，A电子能量和自由能。最靠近pka的结构和最低的能量结构都能得到，但是这两个不是同一个，而且遇到不管怎么优化结构计算pka的值，都靠近不了实验pka值，大概差了0.6左右。不收敛的情况倒是没有遇到过。 |
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本帖最后由 妙角不脆 于 2022-5-17 17:43 编辑 你说的这个合适结构是怎么个合适法？本身指代不明。如果谈论的是优势构象的话确实是以能量为标准。 pKa只是你这个关键词也算不出来，不知道你是怎么算的。 基组完全不需要用这么大，6-31+G*足够，scrf里水是默认溶剂可以不写solvent=water，SMD模型对优化来说可能有难以收敛的情况，用默认的就可以。 SCF=QC毫无必要，对有机胺来说nosym也没必要，因为没啥明显的对称性。可以看以下博文和讨论： http://sobereva.com/61 http://bbs.keinsci.com/thread-5032-1-1.html http://sobereva.com/297 |
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