GROMACS Windows 64bit版 2020.6 CUDA GPU加速版运行gmx pdb2gmx找不到input pdb文件

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发布时间: 2022-6-4 08:38

各位论坛大神好，在力场Slipids（http://www.fos.su.se/~sasha/SLipids/Downloads.html）下载好磷脂分子，用Avogodra软件拉直磷脂分子，然后用genmixmem.exe生成混合脂质双分子层，之后用安装好的windows编译下的Gro ...

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free3hao 发表于 Post on 2022-6-4 13:38:33

snljty2 发表于 2022-6-4 12:15
cmd基本常识。看你的命令提示行有类似这么一个显示，这就是你的当前工作目录。把文件放这里。或者用绝对 ...

十分感谢啊

lonemen 发表于 Post on 2022-6-4 12:43:35

不看报错内容，确实不合适

sobereva 发表于 Post on 2022-6-4 12:17:07

free3hao 发表于 2022-6-4 12:03
社长，那要放在哪里才行呢？Gromacs程序所在的文件夹吗？

起码知道dir命令是干什么的，什么叫当前目录。命令行操作基础知识都不会的话根本没法用GROMACS

snljty2 发表于 Post on 2022-6-4 12:15:00

free3hao 发表于 2022-6-4 12:03
社长，那要放在哪里才行呢？Gromacs程序所在的文件夹吗？

cmd基本常识。看你的命令提示行有类似这么一个显示，这就是你的当前工作目录。把文件放这里。或者用绝对路径。

free3hao 发表于 Post on 2022-6-4 12:03:47

sobereva 发表于 2022-6-4 11:55
明摆着文件路径问题，要自己会看最基本的提示

社长，那要放在哪里才行呢？Gromacs程序所在的文件夹吗？

sobereva 发表于 Post on 2022-6-4 11:57:02

牧生发表于 2022-6-4 09:55
从这句话就看出你犯了错了，详见 http://sobereva.com/soft/Sobtop/ 的FAQ 4

这一步没错

sobereva 发表于 Post on 2022-6-4 11:56:33

wyfgg 发表于 2022-6-4 10:35
或许pdb2gmx不能用于生成非蛋白分子结构？

只要rtp内容合适就能

sobereva 发表于 Post on 2022-6-4 11:55:10

明摆着文件路径问题，要自己会看最基本的提示

wyfgg 发表于 Post on 2022-6-4 10:35:19

或许pdb2gmx不能用于生成非蛋白分子结构？

free3hao 发表于 Post on 2022-6-4 10:19:55

但是换成单一的一个pdb文件，也是同样的问题，找不到pdb文件或者不可用

牧生 发表于 Post on 2022-6-4 09:55:31

复制代码

从这句话就看出你犯了错了，详见 http://sobereva.com/soft/Sobtop/ 的FAQ 4

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