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[GROMACS] GROMACS Windows 64bit版 2020.6 CUDA GPU加速版运行gmx pdb2gmx找不到input pdb文件

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各位论坛大神好,在力场Slipids(http://www.fos.su.se/~sasha/SLipids/Downloads.html)下载好磷脂分子,用Avogodra软件拉直磷脂分子,然后用genmixmem.exe生成混合脂质双分子层,之后用安装好的windows编译下的Gromacs(2020.6 CUDA GPU加速版)运行pdb2gmx程序,但出现下面的情况,想请教一下,这是生成的mixmem.pdb有问题,还是文件路径有问题呢?




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发表于 Post on 2022-6-4 09:55:31 | 只看该作者 Only view this author
  1. 然后用genmixmem.exe生成混合脂质双分子层
复制代码


从这句话就看出你犯了错了,详见 http://sobereva.com/soft/Sobtop/  的FAQ 4
又菜又爱玩

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-4 10:19:55 | 只看该作者 Only view this author
但是换成单一的一个pdb文件,也是同样的问题,找不到pdb文件或者不可用

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发表于 Post on 2022-6-4 10:35:19 | 只看该作者 Only view this author
或许pdb2gmx不能用于生成非蛋白分子结构?

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发表于 Post on 2022-6-4 11:55:10 | 只看该作者 Only view this author
明摆着文件路径问题,要自己会看最基本的提示
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发表于 Post on 2022-6-4 11:56:33 | 只看该作者 Only view this author
wyfgg 发表于 2022-6-4 10:35
或许pdb2gmx不能用于生成非蛋白分子结构?

只要rtp内容合适就能
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发表于 Post on 2022-6-4 11:57:02 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2022-6-4 09:55
从这句话就看出你犯了错了,详见 http://sobereva.com/soft/Sobtop/  的FAQ 4

这一步没错
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-4 12:03:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-6-4 11:55
明摆着文件路径问题,要自己会看最基本的提示

社长,那要放在哪里才行呢?Gromacs程序所在的文件夹吗?

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发表于 Post on 2022-6-4 12:15:00 | 只看该作者 Only view this author
free3hao 发表于 2022-6-4 12:03
社长,那要放在哪里才行呢?Gromacs程序所在的文件夹吗?

cmd基本常识。看你的命令提示行有类似这么一个显示,这就是你的当前工作目录。把文件放这里。或者用绝对路径。

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发表于 Post on 2022-6-4 12:17:07 | 只看该作者 Only view this author
free3hao 发表于 2022-6-4 12:03
社长,那要放在哪里才行呢?Gromacs程序所在的文件夹吗?

起码知道dir命令是干什么的,什么叫当前目录。命令行操作基础知识都不会的话根本没法用GROMACS
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发表于 Post on 2022-6-4 12:43:35 | 只看该作者 Only view this author
不看报错内容,确实不合适

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-4 13:38:33 | 只看该作者 Only view this author
snljty2 发表于 2022-6-4 12:15
cmd基本常识。看你的命令提示行有类似这么一个显示,这就是你的当前工作目录。把文件放这里。或者用绝对 ...

十分感谢啊

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