MD添加离子出现报错

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发布时间: 2022-6-15 10:29

在跑MD添加离子时出现这个报错（图1）找到的解决方案是图2 但是是添加溶剂的我这个体系本身是不添加溶剂的？想请教一下如果解决这个报错问题就必须添加溶剂吗？不添加溶剂的前提下有方法 ...

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sobereva 发表于 Post on 2022-6-16 10:14:15

兰兰爱学习发表于 2022-6-16 07:59
好的谢谢老师老师我的体系没有溶剂分子无法用这个方法替换的话还可以用什么别的方法来解决这个问题 ...

用别的方式插入离子
诸如gmx insert-molecules

sobereva 发表于 Post on 2022-6-16 10:10:04

兰兰爱学习发表于 2022-6-16 08:02
这是我的体系分子老师 n=2

仔细看置顶的社员必读贴了解怎么正确贴图

兰兰爱学习 发表于 Post on 2022-6-16 08:02:54

file:///C:/Users/Administrator/AppData/Local/Temp/WeChat%20Files/9134b5b1956410bfdc7e341b93fb2fa.jpg
这是我的体系分子老师 n=2

兰兰爱学习 发表于 Post on 2022-6-16 07:59:23

sobereva 发表于 2022-6-15 13:42
我的这个ppt说的是gmx genion把溶剂分子替换成离子的情况，当然不是添加溶剂用的
搞清楚genion的运行原理 ...

好的谢谢老师老师我的体系没有溶剂分子无法用这个方法替换的话还可以用什么别的方法来解决这个问题吗？

sobereva 发表于 Post on 2022-6-15 13:42:12

我的这个ppt说的是gmx genion把溶剂分子替换成离子的情况，当然不是添加溶剂用的
搞清楚genion的运行原理，是把溶剂分子替换成离子，倘若体系里根本没有溶剂分子可替换，自然没法用genion

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