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[GROMACS] MD添加离子出现报错

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在跑MD添加离子时出现这个报错(图1) 找到的解决方案是图2  但是是添加溶剂的  我这个体系本身是不添加溶剂的?想请教一下 如果解决这个报错问题就必须添加溶剂吗 ?不添加溶剂的前提下有方法解决这个问题吗?谢谢

202206151028493580..jpg (86.16 KB, 下载次数 Times of downloads: 16)

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发表于 Post on 2022-6-15 13:42:12 | 只看该作者 Only view this author
我的这个ppt说的是gmx genion把溶剂分子替换成离子的情况,当然不是添加溶剂用的
搞清楚genion的运行原理,是把溶剂分子替换成离子,倘若体系里根本没有溶剂分子可替换,自然没法用genion
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-16 07:59:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-6-15 13:42
我的这个ppt说的是gmx genion把溶剂分子替换成离子的情况,当然不是添加溶剂用的
搞清楚genion的运行原理 ...

好的谢谢老师  老师我的体系没有溶剂分子 无法用这个方法替换的话  还可以用什么别的方法来解决这个问题吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-16 08:02:54 | 只看该作者 Only view this author
file:///C:/Users/Administrator/AppData/Local/Temp/WeChat%20Files/9134b5b1956410bfdc7e341b93fb2fa.jpg
这是我的体系分子老师 n=2

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发表于 Post on 2022-6-16 10:10:04 | 只看该作者 Only view this author
兰兰爱学习 发表于 2022-6-16 08:02
这是我的体系分子老师 n=2

仔细看置顶的社员必读贴了解怎么正确贴图
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发表于 Post on 2022-6-16 10:14:15 | 只看该作者 Only view this author
兰兰爱学习 发表于 2022-6-16 07:59
好的谢谢老师  老师我的体系没有溶剂分子 无法用这个方法替换的话  还可以用什么别的方法来解决这个问题 ...

用别的方式插入离子
诸如gmx insert-molecules
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