护卫天使 发表于 2022-8-8 14:01
老师好，1、不配平是因为，三个不同构型中，是因为配体中配位的氧的数量不一样，导致在同是10配位数的情 ...

你还是没理解我的意思。还是考虑我举的这个例子，假如我说La(A)2(B)3比La(A)3(B)2稳定（A和B是两种完全不同的配体），是什么意思？显然不是La(A)2(B)3比La(A)3(B)2的自由能低的意思，而是说，La(A)3(B)2和B反应，可以大部分发生配体取代反应，变成La(A)2(B)3和A。所以应该比的是：La(A)3(B)2的自由能加上B的自由能，和La(A)2(B)3的自由能加上A的自由能，哪个低。
”能量越低越稳定“（暂且不论能量和自由能的区别）是有适用条件的，适用条件就是你比较的两个分子的原子种类和数目必须相同。脱离掉这个条件，就不能用能量高低比较稳定性。学一个结论不能只记结论，必须把适用条件也记下来才行。

wzkchem5 发表于 2022-8-8 14:55
电子能量的单位是什么？如果是au，说明你比的时候没有配平。
举个例子，比较La(A)2(B)3和La(A)3(B)2哪个 ...

老师好，1、不配平是因为，三个不同构型中，是因为配体中配位的氧的数量不一样，导致在同是10配位数的情况下，配位的水分子数量不一样。也就是说分子能量不同主要是因为原子数目不一样。
2、那我这种情况需不需要说明主要有三种不一样的构型？如何想说明，想找最稳定的一个构型作后续分析，是加水分子使三种构型的原子数量相等来计算自由能来比较吗，总感觉这样不是很妥，加入的水分子又不能与稀土配位。望老师指教！

护卫天使 发表于 2022-8-8 06:35
老师好，例如对于2个配体络合镧的体系，我做完动力学和批量优化后，发现有三种主要的构型，配位数都是10 ...

电子能量的单位是什么？如果是au，说明你比的时候没有配平。
举个例子，比较La(A)2(B)3和La(A)3(B)2哪个稳定，不是比较La(A)2(B)3和La(A)3(B)2哪个能量低，而是比较La(A)2(B)3+A和La(A)3(B)2+B哪个自由能低（注意是自由能不是能量，但这不是重点，重点是必须把配体数目配平）。原因不需要我解释了吧

wzkchem5 发表于 2022-7-27 14:50
正常的，说明配位和解离是平衡。取其中配位的帧即可

老师好，例如对于2个配体络合镧的体系，我做完动力学和批量优化后，发现有三种主要的构型，配位数都是10（按径向分布函数计算得到）。我分别作了高精度的DFT计算，得到了电子能量分别为HF=-3347、-3117、-3270。后面的分析我想取一个来分析，是直接根据电子能量最低来选取吗，还是计算结合能来选取？

护卫天使 发表于 2022-7-27 06:42
老师好，我用一个配体和镧跑了其中的一条轨迹，统计了La和P=O中的O的距离,如图。出现了配体和La解离，但 ...

正常的，说明配位和解离是平衡。取其中配位的帧即可

护卫天使 发表于 2022-7-18 10:30
老师好，在xtb跑MD时我想加入Cl离子使体系总体为中性(chrg 0)，对于氯原子的初始位置是任意的吗？我尝试 ...

初始位置只要不是特别不合理就行，只要初始结构合理且MD跑得足够久，结果应该和初始结构几乎无关。
可能加的水分子不够多，不足以稳定Cl-。也可能本来实验上Cl-就是和La配位的，因为本来LaCl3在水里就未必是100%电离的

护卫天使 发表于 2022-7-14 09:31
好的，感谢老师的耐心回复。我查了资料，xtb也能支持元动力学模拟。我想在xtb中作metadynamics方法，寻求 ...

可以

护卫天使 发表于 2022-7-13 14:19
万分感谢老师的耐心回复。我看社长文章对于构型搜索，在动力学上模拟都是在一定温度下跑一次得到足够多的 ...

sob老师只跑一条轨迹是因为他只关心能量最低的结构（或者能量最低的若干个结构），不关注由初始结构变成能量最低结构的过程，而且已知所有构象之间的转变足够容易。但是你现在想问的是为什么从初始结构跑MD会发生解离，那就有一个问题，万一解离的概率只有30%，而你跑的这一次就在那30%内，那你这个问题就成了一个伪问题。所以必须重复跑多次才能知道，初始结构是解离的概率大还是不解离的概率大。
由此引申，假如你要搜索的构象之间的势垒比较高的话，那么有可能即便只关心最稳定结构也要跑多条轨迹。比如一个酰胺，C-N键可以旋转，但是需要毫秒到秒级的时间，而你MD只能跑ps、ns级的时间。这时有可能需要手动把C-N键二面角扭转180度，再跑一个MD。当然更好的办法是改用那些并非纯粹基于普通MD的构象搜索方法，比如基于metadynamics的方法。

wzkchem5 发表于 2022-7-13 20:49
不仅帧数要够多，轨迹数也要够多，也就是需要从不同初始构象分别跑很多条轨迹。原因在我刚才贴的链接里已 ...

万分感谢老师的耐心回复。我看社长文章对于构型搜索，在动力学上模拟都是在一定温度下跑一次得到足够多的帧数后，再在molclus操作就行了。我也跑几条轨迹看看结果会怎么样。

护卫天使 发表于 2022-7-13 13:36
每次模拟都是得到2000帧结构。但是同一体系（两个配体和一个稀土原子）跑不同温度的动力学{400K,500k}， ...

不仅帧数要够多，轨迹数也要够多，也就是需要从不同初始构象分别跑很多条轨迹。原因在我刚才贴的链接里已经说了。