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[ORCA] windows系统下用orca做结构优化中途报错

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老师好,我是在Windows系统下,用ORCA5.03版本,mpi是10.0版本。我用同样的内存和基组做了甲烷结构优化,27秒就算好了。我换做要计算的分子结构,算到一半报错了。报错的输出文件如下。

202206172016224775..png (45.47 KB, 下载次数 Times of downloads: 33)

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发表于 Post on 2022-6-17 20:25:23 | 只看该作者 Only view this author
BLYP算Eu配合物严重不合适,此泛函根本不适合d、f族过渡金属配合物。用PBE0强得多。参考下文
使用Gaussian做镧系金属配合物的量子化学计算
http://sobereva.com/581http://bbs.keinsci.com/thread-21274-1-1.html

泛函改了之后再说其它问题
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-17 20:36:04 | 只看该作者 Only view this author
好的,谢谢老师。我是想着用便宜的基组,计算不同的自旋多重度,选择能量最低的,再用好的基组做计算,弄巧成拙了。

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发表于 Post on 2022-6-17 20:48:14 | 只看该作者 Only view this author
分子结构严重不合理,必须对Eu做显式溶剂化,也就是用溶剂分子把Eu的空配位点都配满,再算。这个问题比泛函的问题还大,是你这个任务报错(SCF不收敛)的主要原因,而且即使SCF收敛了,没做显式溶剂化的结果也不能用
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-17 21:11:52 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-6-17 20:48
分子结构严重不合理,必须对Eu做显式溶剂化,也就是用溶剂分子把Eu的空配位点都配满,再算。这个问题比泛函 ...

是的,谢谢老师。我是想确定一下自旋多重度,然后再用之作构象搜索。隐式溶剂的级别是否就可行了?需不需要一定要显 式溶剂?

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发表于 Post on 2022-6-17 21:50:22 | 只看该作者 Only view this author
护卫天使 发表于 2022-6-17 21:11
是的,谢谢老师。我是想确定一下自旋多重度,然后再用之作构象搜索。隐式溶剂的级别是否就可行了?需不需 ...

我还以为你刻意摆成那样,算配体结合能当中失去配体的情况

如果你的体系已知配体就是这些,剩下的部分显然得用溶剂分子配位,隐式溶剂模型根本描述不了溶剂和金属之间的配位作用
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发表于 Post on 2022-6-18 02:08:09 | 只看该作者 Only view this author
护卫天使 发表于 2022-6-17 14:11
是的,谢谢老师。我是想确定一下自旋多重度,然后再用之作构象搜索。隐式溶剂的级别是否就可行了?需不需 ...

首先必须用显式溶剂,因为隐式溶剂无法描述金属的第一配位层;其次,众所周知一般配体不会改变稀土离子的自旋多重度,因为稀土离子的所有单电子都是4f电子,非常局域,不容易受外界影响,所以按自由Eu3+的自旋多重度指定Eu(III)配合物的自旋多重度就行了(除非有的单电子不在Eu上,或者不止一个Eu),不需要计算不同自旋多重度比较能量。
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-18 16:26:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-6-17 21:50
我还以为你刻意摆成那样,算配体结合能当中失去配体的情况

如果你的体系已知配体就是这些,剩下的部分 ...

好的,谢谢老师。1、那作构想搜索是不是:先用Packmol程序构建一个配合物被200个水分子包围,再用MOPAC程序在半经验级别下优化。得到的结构再去用molclus基于xtb程序寻找最优构象。2、再用最优构象作博文中《使用Gaussian做镧系金属配合物的量子化学计算》里面的分析,这时候构象里面有水分子,该怎么办?

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发表于 Post on 2022-6-19 10:16:11 | 只看该作者 Only view this author
护卫天使 发表于 2022-6-18 16:26
好的,谢谢老师。1、那作构想搜索是不是:先用Packmol程序构建一个配合物被200个水分子包围,再用MOPAC程 ...

显然不是

先分清楚构型搜索和构象搜索,如果你想得知水怎么和你一开始贴的配位不饱和结构配位的,属于配合物构型搜索问题。这种问题根本不需要用molclus做构型搜索,因为水的配位方式极为简单,但凡google上搜点带配体水的配合物结构,就知道应该怎么配位,初始结构自己手摆就完了,远比你做构型搜索省时省事得多得多。而且,MOPAC根本就不支持镧系元素。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-20 11:19:18 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-6-18 02:08
首先必须用显式溶剂,因为隐式溶剂无法描述金属的第一配位层;其次,众所周知一般配体不会改变稀土离子的 ...

感谢老师。老师,我贴的配合物中,配体是新合成的,然后用之和稀土离子作络合反应。对于量子化学计算我的想法是包括两个方面:1、对于新合成的配体,我是直接自己手摆构型,然后再高斯作隐式水溶液溶剂下的结构优化和单点能计算,再分析其分子表面静电势、平局离子化能,还有溶解自由能,探究了络合位点和水溶性。这个需要作构象搜索吗?2、对于稀土配合物,想探究配位情况,包括IRI、AIM、电荷分解分析,热稳定性。我之前也是自己手摆构型然后用隐式模型于高斯作计算。建模都是一个链节单元和一个稀土。这个按老师说的需要显式溶剂,那么我可以建模的时候加几个水分子,使配位饱和(在multiwfn判断配位数)再用高斯作计算,后分析。我的思路不知道可不可行,望老师帮忙指正?

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发表于 Post on 2022-6-20 16:07:13 | 只看该作者 Only view this author
护卫天使 发表于 2022-6-20 04:19
感谢老师。老师,我贴的配合物中,配体是新合成的,然后用之和稀土离子作络合反应。对于量子化学计算我的 ...

1. 必须做构象搜索,第一因为你手摆的构型未必合理,第二因为必须用显式溶剂描述金属的第一配位层,而第一配位层的水也存在你没办法保证手摆的构型合理的问题,所以这些水的位置、取向也必须做构象搜索(或者可能叫构型搜索更准确些)来确定
2. 对。但是配位数不是靠Multiwfn判断的,Multiwfn能判断的是,你给定一个结构,它可以告诉你这个结构里的金属的配位数。但是你现在连结构都没有,要确定的是结构本身,只要结构确定了,配位数你反倒不需要计算。所以这里有两种做法:(1)加足够多的溶剂分子跑一个MD,找一些代表性的帧,去掉第一配位层以外的水分子,然后优化;(2)计算配合物分子不断与越来越多的水分子配位的自由能变化(每次都做构型搜索),直到自由能开始上升或者水再也配不到金属上(两种情况有一个发生就算),那么此时的配位数就是你要的配位数。
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-20 18:03:05 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-6-20 16:07
1. 必须做构象搜索,第一因为你手摆的构型未必合理,第二因为必须用显式溶剂描述金属的第一配位层,而第 ...

感谢老师耐心的指导。还有一点疑惑是对于配体作构象搜索,也是在显式溶剂下吗?我目前已经作了隐式溶剂下的。假如作显式溶剂下的构象搜索,后续的分析是要带上溶剂分子?

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发表于 Post on 2022-6-20 19:07:10 | 只看该作者 Only view this author
护卫天使 发表于 2022-6-20 11:03
感谢老师耐心的指导。还有一点疑惑是对于配体作构象搜索,也是在显式溶剂下吗?我目前已经作了隐式溶剂下 ...

当且仅当你的配体会和溶剂分子有比较强的相互作用(比如比较强的氢键,注意只有比较强的才算数)时,需要加显式溶剂分子。当然准确来说是杂化溶剂模型,就是在显式溶剂分子外面的溶剂还是要用隐式溶剂模型描述。
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-20 20:04:43 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-6-20 19:07
当且仅当你的配体会和溶剂分子有比较强的相互作用(比如比较强的氢键,注意只有比较强的才算数)时,需要 ...

好的老师,万分感谢!老师,能否探究稀土配合物在不同PH值溶剂环境下的热稳定性?

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发表于 Post on 2022-6-20 22:02:31 | 只看该作者 Only view this author
护卫天使 发表于 2022-6-20 13:04
好的老师,万分感谢!老师,能否探究稀土配合物在不同PH值溶剂环境下的热稳定性?

可以,把这个配合物和H+、OH-反应导致分解的所有可能途径列出来,一一计算活化自由能。然后套Eyring方程得到速率常数,再代入不同pH条件下的[H+]、[OH-],就可以计算出不同pH下的表观分解速率常数
Zikuan Wang
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