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感谢卢老师  |
JCenter 发表于 2024-9-5 17:51 考虑 可行 记得deltaG加上对复合物结构用counterpoise算的BSSE校正能 |
本帖最后由 JCenter 于 2024-9-5 18:09 编辑 sobereva 发表于 2022-6-19 09:55 卢老师。关于分子间的相互作用能计算，一般是计算单点时使用B3lyp-D3(BJ)或者wB97M-V方法结合6-311+g**或者ma-def2-tzvp,并使用counterpoise。通过复合基组下的E(AB)-E(A)-E(B)计算得到相互作用能。那如果是为了计算分子间的结合自由能，那AB、A、B的自由能通过shermo程序计算，那AB、A、B的高精度单点计算时是否还需要考虑弥散呢，（bsse问题是针对电子能量计算相互作用能需要考虑的）在使用wB97M-V/def2tzvpp计算单点的条件下，通过deltaG=G(AB)-G(A)-G(B)得到结合自由能可行吗（几何优化用b3lyp-d3(bj)/6-311g**） |
wzkchem5 发表于 2022-6-20 22:00 谢谢老师 |
七尺贱 发表于 2022-6-20 12:22 不管更正还是更负都是正常的 |
wzkchem5 发表于 2022-6-18 16:04 您好，老师打扰了，我这边还有一个问题就是我这个弱相互作用体系在M062X-D3/6-31G*算出来的弱相互作用能为-32.05 kcal/mol（E_AB+ E_BSSE - E(A) - E(B)），在wB97M-V/def2-TZVPP中算的弱相互作用能为-44.19kcal/mol，高精度的算出来更负，应该是正常的吧 |
sobereva 发表于 2022-6-20 10:21 谢谢老师 |
七尺贱 发表于 2022-6-19 14:59 Maximum Displacement太大，优化最好做充分点 |
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“吉布斯自由能和结合能匹配的比较好” 这种描述十分莫名其妙 首先结合能就没有唯一定义，结合焓、结合自由能、电子能量在结合过程中的变化，都可以笼统地说是结合能。只有你说清楚结合能是怎么算的，这个词才有确切指代。这也类似于势垒，可以说电子能垒，自由能垒，焓垒。 而且自由能垒是靠吉布斯自由能求差才能得到的 正经做计算的人没有直接拿freq任务输出的自由能来用的，通常电子能量都在比freq任务更高级别下做，看此文的自由能计算例子 使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据 http://sobereva.com/552（http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html） 另外，常温下的结合自由能，和结合过程中的电子能量变化，往往相差非常悬殊，因为电子能量变化不够负，并从而令结合焓足够负的话，克服不掉-T*deltaS对结合自由能的正贡献。讨论结合的热力学自发性都需要用特定温度下的结合自由能作为最严格指标。 |
wzkchem5 发表于 2022-6-18 16:35 原来是这样，谢谢老师 |
七尺贱 发表于 2022-6-18 09:29 freq得到的Gibbs自由能校正，加到较高理论级别算出来的单点能上面。 结合能和Gibbs自由能的趋势确实一般是一致的，但是也有例外情况，而从理论角度显然后者才是和是否结合有关系的量。之所以文献也报道结合能，主要是为了确定自由能的趋势是焓的原因还是熵的原因 |
wzkchem5 发表于 2022-6-18 16:16 谢谢老师回复，就是用freq得到的那个吉布斯自由能来判断吗？我看到文章当中基本上都是吉布斯自由能和结合能匹配的比较好，即结合能大的吉布斯自由能也大，二者共同说明 |
七尺贱 发表于 2022-6-18 09:14 对，需要优化。不仅如此，应该用结合Gibbs自由能而非结合能来判断。 |
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