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使用43A1力场模拟蛋白配体复合物，gmxmpp命令报错：No default Proper Dih. types

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zhuceyu

发布时间: 2022-7-15 09:14

正文摘要:

本帖最后由 zhuceyu 于 2022-7-15 16:52 编辑 gromacs版本2021，命令为： gmx grompp -f em.mdp -c solv.gro -p topol.top -o ions.tpr 报错内容如下： Generated 279 of the 1225 non-bonded pa ...

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zhuceyu 发表于 Post on 2022-7-18 11:20:14

sobereva 发表于 2022-7-16 09:10
我说的是字段顺序的事，没说改力场版本能解决，这个报错跟力场版本根本没直接关系

如果分子的itp是从A ...

好的，谢谢老师，我现在也在尝试别的方法解决这个问题

sobereva 发表于 Post on 2022-7-16 09:10:26

zhuceyu 发表于 2022-7-15 11:44
谢谢老师，我之后补充问题会注意。atomtypes的问题我会调整顺序再做，但是力场我选择54a7也会有类似的报 ...

我说的是字段顺序的事，没说改力场版本能解决，这个报错跟力场版本根本没直接关系

如果分子的itp是从ATB弄来的，include ATB网站上的修改版GROMOS力场包

zhuceyu 发表于 Post on 2022-7-15 11:44:58

本帖最后由 zhuceyu 于 2022-7-15 16:00 编辑

sobereva 发表于 2022-7-15 09:51
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员 ...

谢谢老师，我之后补充问题会注意。atomtypes的问题我会调整顺序再做，但是力场我选择54a7也会有类似的报错，我以为是力场太新一些参数不支持，然后选择较老的43a1仍不能解决。都会出现ERROR1-9的dihedrals对应参数中存在缺失值，gd_xx这个值该如何修补呢？缺失值内容是我上方的贴图。

这部分问题部分解决，根据这篇帖子及介绍(http://bbs.keinsci.com/thread-2497-1-1.html 、 http://sobereva.com/4)，dihedrals参数gd_xx的缺失，是力场或者源文件对这部分参数无定义，一般会报warning。

sobereva 发表于 Post on 2022-7-15 09:51:08

zhuceyu 发表于 2022-7-15 09:31
请问，是gromacs2021版本的原因吗？我需要换成gromacs2018或2019吗？

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

老生常谈的周经问题，没版本的事

甭用43A1这么过时的力场

zhuceyu 发表于 Post on 2022-7-15 09:31:31

请问，是gromacs2021版本的原因吗？我需要换成gromacs2018或2019吗？

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