对非标准残基的处理问题

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发布时间: 2022-7-25 14:31

各位老师好，最近帮同学处理蛋白问题时遇到困难，因为之前一直做凝聚相模拟所以对蛋白的一些问题不太明白，特来求助。我首先在RCSB数据库下载了所需蛋白的PDB文件，在pdb2gmx时显示有一个残基不在库里，使用VMD打开 ...

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sobereva 发表于 Post on 2022-7-28 19:33:27

qq1020935287 发表于 2022-7-27 16:53
谢谢sob老师，请问我知道其中一个碳是CH3另一个是羧基的情况下，是不是处理成一个乙酸根，对两个氧等价性 ...

我帖子里明确说了得构造模型体系

qq1020935287 发表于 Post on 2022-7-27 16:53:03

sobereva 发表于 2022-7-26 15:43
不能封装成乙酸分子算RESP电荷

看下文里对氨基酸残基是怎么搞RESP电荷的。应当构造模型体系

谢谢sob老师，请问我知道其中一个碳是CH3另一个是羧基的情况下，是不是处理成一个乙酸根，对两个氧等价性约束，设置好电荷，去优化就可以吗？

sobereva 发表于 Post on 2022-7-26 15:43:20

不能封装成乙酸分子算RESP电荷

看下文里对氨基酸残基是怎么搞RESP电荷的。应当构造模型体系
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）

qq1020935287 发表于 Post on 2022-7-26 11:27:33

sobereva 发表于 2022-7-26 02:58
仔细看pdb文件里的注释部分，很可能明确说了ACY到底是什么。如果注释里也没说，而这个体系有对应的原文，看 ...

感谢老师！刚看了注释确实是醋酸

sobereva 发表于 Post on 2022-7-26 02:58:32

仔细看pdb文件里的注释部分，很可能明确说了ACY到底是什么。如果注释里也没说，而这个体系有对应的原文，看原文里怎么说

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