对非标准残基的处理问题

qq1020935287 · 发表于 Post on 2022-7-25 14:31:54

各位老师好，最近帮同学处理蛋白问题时遇到困难，因为之前一直做凝聚相模拟所以对蛋白的一些问题不太明白，特来求助。我首先在RCSB数据库下载了所需蛋白的PDB文件，在pdb2gmx时显示有一个残基不在库里，使用VMD打开后发现这个残基（ACY）与链并未成键，两个碳两个氧元素，我的问题如下：
1：这个ACY残基两个碳两个氧元素，且有一个甲基，OXT元素类型查询好像是羰基氧，请问这个是不是乙酸？
2：对于这个残基能否通过封装成乙酸分子，然后结构优化和振动分析拿波函数文件去算RESP电荷然后拟合得到RTP文件，然后直接加到GMX目录的rtp文件里面让后在使用pdb2gmx？
图一为使用CPK着色的即为ACY残基，图二为PDB文件关于ACY残基的片段。
感谢各位老师百忙之中帮助解惑！

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-26 02:58:32

仔细看pdb文件里的注释部分，很可能明确说了ACY到底是什么。如果注释里也没说，而这个体系有对应的原文，看原文里怎么说

qq1020935287 · 发表于 Post on 2022-7-26 11:27:33

sobereva 发表于 2022-7-26 02:58
仔细看pdb文件里的注释部分，很可能明确说了ACY到底是什么。如果注释里也没说，而这个体系有对应的原文，看 ...

感谢老师！刚看了注释确实是醋酸

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-26 15:43:20

不能封装成乙酸分子算RESP电荷

看下文里对氨基酸残基是怎么搞RESP电荷的。应当构造模型体系
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）

qq1020935287 · 发表于 Post on 2022-7-27 16:53:03

sobereva 发表于 2022-7-26 15:43
不能封装成乙酸分子算RESP电荷

看下文里对氨基酸残基是怎么搞RESP电荷的。应当构造模型体系

谢谢sob老师，请问我知道其中一个碳是CH3另一个是羧基的情况下，是不是处理成一个乙酸根，对两个氧等价性约束，设置好电荷，去优化就可以吗？

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-28 19:33:27

qq1020935287 发表于 2022-7-27 16:53
谢谢sob老师，请问我知道其中一个碳是CH3另一个是羧基的情况下，是不是处理成一个乙酸根，对两个氧等价性 ...

我帖子里明确说了得构造模型体系

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