求助：动力学模拟轨迹中的氢键问题，是否需要重跑？

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发布时间: 2022-8-20 22:13

动力学模拟轨迹中，出现如图所示氢键，请问是否合理，需要重新跑动力学吗？

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maotao 发表于 Post on 2022-8-22 16:53:12

sobereva 发表于 2022-8-22 09:43
仔细看
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534（http://bbs.keinsci.com ...

好的谢谢老师

sobereva 发表于 Post on 2022-8-22 09:43:35

仔细看
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534（http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html）

maotao 发表于 Post on 2022-8-21 22:53:13

chands 发表于 2022-8-21 18:49
我猜楼举想问为什么有几个“氢键”特别长，是不是出问题了。

哈哈是的，我就是想问一下用VMD看轨迹时就会出现这种情况。但是用Pymol就没有哎。感谢回答

chands 发表于 Post on 2022-8-21 21:55:02

5撇到3撇发表于 2022-8-21 21:51
奥奥，那是不是pbc的原因

那要楼举出来说清楚问题才知道。

5撇到3撇 发表于 Post on 2022-8-21 21:51:45

chands 发表于 2022-8-21 18:49
我猜楼举想问为什么有几个“氢键”特别长，是不是出问题了。

奥奥，那是不是pbc的原因

chands 发表于 Post on 2022-8-21 18:49:21

5撇到3撇发表于 2022-8-21 17:17
氢键不是要计算角度和长度嘛，这个里头怎么看氢键呢?

我猜楼举想问为什么有几个“氢键”特别长，是不是出问题了。

5撇到3撇 发表于 Post on 2022-8-21 17:17:20

氢键不是要计算角度和长度嘛，这个里头怎么看氢键呢?

chands 发表于 Post on 2022-8-20 22:20:31

本帖最后由 chands 于 2022-8-20 23:53 编辑

是水吗，你确定不是H3O+的质子转移？
比如D3O+的氢会转移到相邻的H2O，变成D2O和H2DO+

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