计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 2358|回复 Reply: 8
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Amber] 求助:动力学模拟轨迹中的氢键问题,是否需要重跑?

[复制链接 Copy URL]

8

帖子

0

威望

73

eV
积分
81

Level 2 能力者

动力学模拟轨迹中,出现如图所示氢键,请问是否合理,需要重新跑动力学吗?

1016

帖子

0

威望

2126

eV
积分
3142

Level 5 (御坂)

天上地下三山亖海五湖六合八荒九州之泛粤大典編輯委員會編外委員

2#
发表于 Post on 2022-8-20 22:20:31 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 chands 于 2022-8-20 23:53 编辑

是水吗,你确定不是H3O+的质子转移?
比如D3O+的氢会转移到相邻的H2O,变成D2O和H2DO+
ORCA大法好!CP2K大法好!
嶺南粤音 泛粤典 https://jyutjam.org/

山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
san huɔɞ ki lɔk tʰɔŋ ŋ ᵑgut,fʊŋ ʝi ʝiu kʰui tʰɔu ᵐbʊk pɪŋ

134

帖子

0

威望

763

eV
积分
897

Level 4 (黑子)

3#
发表于 Post on 2022-8-21 17:17:20 | 只看该作者 Only view this author
氢键不是要计算角度和长度嘛,这个里头怎么看氢键呢?

1016

帖子

0

威望

2126

eV
积分
3142

Level 5 (御坂)

天上地下三山亖海五湖六合八荒九州之泛粤大典編輯委員會編外委員

4#
发表于 Post on 2022-8-21 18:49:21 | 只看该作者 Only view this author
5撇到3撇 发表于 2022-8-21 17:17
氢键不是要计算角度和长度嘛,这个里头怎么看氢键呢?

我猜楼举想问为什么有几个“氢键”特别长,是不是出问题了。
ORCA大法好!CP2K大法好!
嶺南粤音 泛粤典 https://jyutjam.org/

山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
san huɔɞ ki lɔk tʰɔŋ ŋ ᵑgut,fʊŋ ʝi ʝiu kʰui tʰɔu ᵐbʊk pɪŋ

134

帖子

0

威望

763

eV
积分
897

Level 4 (黑子)

5#
发表于 Post on 2022-8-21 21:51:45 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-8-21 18:49
我猜楼举想问为什么有几个“氢键”特别长,是不是出问题了。

奥奥,那是不是pbc的原因

1016

帖子

0

威望

2126

eV
积分
3142

Level 5 (御坂)

天上地下三山亖海五湖六合八荒九州之泛粤大典編輯委員會編外委員

6#
发表于 Post on 2022-8-21 21:55:02 | 只看该作者 Only view this author
5撇到3撇 发表于 2022-8-21 21:51
奥奥,那是不是pbc的原因

那要楼举出来说清楚问题才知道。
ORCA大法好!CP2K大法好!
嶺南粤音 泛粤典 https://jyutjam.org/

山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
san huɔɞ ki lɔk tʰɔŋ ŋ ᵑgut,fʊŋ ʝi ʝiu kʰui tʰɔu ᵐbʊk pɪŋ

8

帖子

0

威望

73

eV
积分
81

Level 2 能力者

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-21 22:53:13 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-8-21 18:49
我猜楼举想问为什么有几个“氢键”特别长,是不是出问题了。

哈哈是的,我就是想问一下用VMD看轨迹时就会出现这种情况。但是用Pymol就没有哎。感谢回答

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125128

管理员

公社社长

8#
发表于 Post on 2022-8-22 09:43:35 | 只看该作者 Only view this author
仔细看
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

8

帖子

0

威望

73

eV
积分
81

Level 2 能力者

9#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-22 16:53:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-8-22 09:43
仔细看
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534(http://bbs.keinsci.com ...

好的谢谢老师

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-20 04:14 , Processed in 0.268696 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list