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同样在VMD中载入mdcrd的时候，报错：Problem reading CRD file 在使用“cpptraj -p name.prmtop -y name.mdcrd -x namd.dcd”时候，报错 Error: Reading format FLAG 'IPOL' Error reading topology file 'prmtop' Error: Could not open topology 'prmtop' TIME: Total execution time: 0.0045 seconds. Error: Error(s) occurred during execution.老师们有遇到吗，请问是怎么解决的呢？ ———————— 想请问下如何在动力学模拟过程中修改ioutfm=1呢？谢谢老师们 |
dongdawn1120 发表于 2016-12-5 18:25 这个方法很方便，谢谢了！ |
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cpptraj -p name.prmtop -y name.mdcrd -x namd.dcd 转换成DCD格式 |
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本帖最后由 kittycui 于 2016-12-9 17:19 编辑 楼上正解，在amber16里ioutfm=1为default，NetCDF文件更精确，文件小，易于读写，所以amber16里建议使用NetCDF格式，另外amber16鼓励大家接受和使用cpptraj，不过老版本的Ptraj脚本基本都能cpptraj里使用，如果不想用netcdf的轨迹模式，可以如sob所说用cpptraj转一下格式，输出类型选择mdcrd，就可以用原来的方法看vmd了，亲测可用 |
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| ioutfm=1,所以trj是NetCDF的，用linux下的vmd，导入轨迹是选择NetCDF就ok了 |
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laoman 发表于 2016-5-8 10:06 我好像也遇到这样的问题 |
| 其实我想试试里面的ff14SB力场，但貌似之前用的leap命令在16里会出错。。。 |
| Ambertools16不是大概一个星期之前才出来的？ |
北纬18° 发表于 2016-5-2 09:50 用cpptraj也行 如果非要用ptraj则自己进入src里面ptraj，make 编译一下即可。 |
sobereva 发表于 2016-5-2 04:39 目前只安装了AmberTools16，没有发现有ptraj 命令。 |
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这个mdcrd文件用文本编辑器打不开，和传统格式明显不同。或许amber16做了些改变 用ptraj转成binpos看看能否打开 |
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