AmberTools16 生成的 md.mdcrd 文件 vmd 加载出错

北纬18° · 发表于 Post on 2016-5-1 18:33:41

本帖最后由北纬18° 于 2016-5-1 18:36 编辑

ambertools16 生成的 md.mdcrd 文件 vmd 加载出错，显示不出分子。
VMD for LINUXAMD64, version 1.9.2 (December 29, 2014)

md.mdcrd (12.56 KB, 下载次数 Times of downloads: 23)

md.out (4.63 MB, 下载次数 Times of downloads: 15)

test.prmtop (11.38 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)

sobereva · 发表于 Post on 2016-5-2 04:39:03

这个mdcrd文件用文本编辑器打不开，和传统格式明显不同。或许amber16做了些改变
用ptraj转成binpos看看能否打开

北纬18° · 发表于 Post on 2016-5-2 09:50:44

sobereva 发表于 2016-5-2 04:39
这个mdcrd文件用文本编辑器打不开，和传统格式明显不同。或许amber16做了些改变
用ptraj转成binpos看看能 ...

目前只安装了AmberTools16，没有发现有ptraj 命令。

greatzdk · 发表于 Post on 2016-5-3 14:23:04

北纬18° 发表于 2016-5-2 09:50
目前只安装了AmberTools16，没有发现有ptraj 命令。

用cpptraj也行
如果非要用ptraj则自己进入src里面ptraj，make 编译一下即可。

laoman · 发表于 Post on 2016-5-8 10:05:33

Ambertools16不是大概一个星期之前才出来的？

laoman · 发表于 Post on 2016-5-8 10:06:20

其实我想试试里面的ff14SB力场，但貌似之前用的leap命令在16里会出错。。。

happychen0621 · 发表于 Post on 2016-11-28 21:06:41

laoman 发表于 2016-5-8 10:06
其实我想试试里面的ff14SB力场，但貌似之前用的leap命令在16里会出错。。。

我好像也遇到这样的问题

dongdawn1120 · 发表于 Post on 2016-12-5 18:25:10

ioutfm=1,所以trj是NetCDF的，用linux下的vmd，导入轨迹是选择NetCDF就ok了

kittycui · 发表于 Post on 2016-12-9 17:15:29

本帖最后由 kittycui 于 2016-12-9 17:19 编辑

楼上正解，在amber16里ioutfm=1为default，NetCDF文件更精确，文件小，易于读写，所以amber16里建议使用NetCDF格式，另外amber16鼓励大家接受和使用cpptraj，不过老版本的Ptraj脚本基本都能cpptraj里使用，如果不想用netcdf的轨迹模式，可以如sob所说用cpptraj转一下格式，输出类型选择mdcrd，就可以用原来的方法看vmd了，亲测可用

ORCA_in_TCC · 发表于 Post on 2016-12-10 10:39:47

cpptraj -p name.prmtop -y name.mdcrd -x namd.dcd
转换成DCD格式

happyknighthawk · 发表于 Post on 2017-8-25 15:50:49

dongdawn1120 发表于 2016-12-5 18:25
ioutfm=1,所以trj是NetCDF的，用linux下的vmd，导入轨迹是选择NetCDF就ok了

这个方法很方便，谢谢了！

Laura_ · 发表于 Post on 2020-7-22 17:28:41

同样在VMD中载入mdcrd的时候，报错：Problem reading CRD file
在使用“cpptraj -p name.prmtop -y name.mdcrd -x namd.dcd”时候，报错
Error: Reading format FLAG 'IPOL'
Error reading topology file 'prmtop'
Error: Could not open topology 'prmtop'
TIME: Total execution time: 0.0045 seconds.
Error: Error(s) occurred during execution.老师们有遇到吗，请问是怎么解决的呢？
————————
想请问下如何在动力学模拟过程中修改ioutfm=1呢？谢谢老师们

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