| 你好像没有定义water, |
大头攒毛 发表于 2022-10-3 14:06 嗯嗯好的 谢谢 |
mahoushoujo 发表于 2022-10-2 23:25 嗯嗯 我算了 电荷为零 |
深爱小李 发表于 2022-9-25 23:15 你可以先看看这个，gromacs官网教程：http://www.mdtutorials.com/gmx/ |
| 还有，没有你的有机分子没有原子电荷 |
本帖最后由 深爱小李 于 2022-9-26 10:12 编辑 牧生 发表于 2022-9-25 20:37 谢谢你的回复，那个title，define是不是在指定蛋白质啊，不需要改成我的有机分子吗。确实参加个培训好多了，但是我还是学生，而且研究方向是药剂，这个分子模拟也是老师让我搞，所以有问题只能各方面求助，太难了 |
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constraints = all-bonds 改为 hbonds 如果你没有建立索引（看你还是新手，应该还不会建立索引），干脆把温度设为整个体系的得了 tc-grps =system tau_t = 0.1 ref_t = 300 另外，参加一次培训，可以直接起飞，几乎日常所见的所有体系，都可以在这里找到相似度极高的例子，然后照着依葫芦画瓢即可 http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html |
本帖最后由 深爱小李 于 2022-9-25 20:23 编辑 牧生 发表于 2022-9-25 19:37 删掉这些走通了，但是到做NVT平衡时，nvt.mdp的设置又出问题了，请问我需要改下面这个从教程上复制过来的nvt.mdp的哪些参数才能适合我来用呀 复制过来的nvt.mdp如下： title = OPLS Lysozyme NVT equilibration define = -DPOSRES ; position restrain the protein ; Run parameters integrator = md ; leap-frog integrator nsteps = 50000 ; 2 * 50000 = 100 ps dt = 0.002 ; 2 fs ; Output control nstxout = 500 ; save coordinates every 1.0 ps nstvout = 500 ; save velocities every 1.0 ps nstenergy = 500 ; save energies every 1.0 ps nstlog = 500 ; update log file every 1.0 ps ; Bond parameters continuation = no ; first dynamics run constraint_algorithm = lincs ; holonomic constraints constraints = all-bonds ; all bonds (even heavy atom-H bonds) constrained lincs_iter = 1 ; accuracy of LINCS lincs_order = 4 ; also related to accuracy ; Neighborsearching cutoff-scheme = Verlet ns_type = grid ; search neighboring grid cells nstlist = 10 ; 20 fs, largely irrelevant with Verlet rcoulomb = 1.0 ; short-range electrostatic cutoff (in nm) rvdw = 1.0 ; short-range van der Waals cutoff (in nm) ; Electrostatics coulombtype = PME ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics pme_order = 4 ; cubic interpolation fourierspacing = 0.16 ; grid spacing for FFT ; Temperature coupling is on tcoupl = V-rescale ; modified Berendsen thermostat tc-grps = Protein Non-Protein ; two coupling groups - more accurate tau_t = 0.1 0.1 ; time constant, in ps ref_t = 300 300 ; reference temperature, one for each group, in K ; Pressure coupling is off pcoupl = no ; no pressure coupling in NVT ; Periodic boundary conditions pbc = xyz ; 3-D PBC ; Dispersion correction DispCorr = EnerPres ; account for cut-off vdW scheme ; Velocity generation gen_vel = yes ; assign velocities from Maxwell distribution gen_temp = 300 ; temperature for Maxwell distribution gen_seed = -1 ; generate a random seed 报错如下： Fatal error: Group Protein referenced in the .mdp file was not found in the index file. Group names must match either [moleculetype] names or custom index group names, in which case you must supply an index file to the '-n' option of grompp. |
牧生 发表于 2022-9-25 19:37 谢谢回复。嗯嗯 我就是借鉴你的这个帖子来的 好的，我试试看看可不可以 |
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本帖最后由 牧生 于 2022-9-25 19:42 编辑 可能是因为[ defaults ]字段重复了，试试删掉这几行 ; Created by Sobtop (http://sobereva.com/soft/sobtop) Version 1.0(dev3.1) on 2022-09-25 [ defaults ] ; nbfunc comb-rule gen-pairs fudgeLJ fudgeQQ 1 2 yes 0.5 0.8333 你include有水，[ molecules ]到底有没有水分子数量啊 看看我以前犯的错 http://bbs.keinsci.com/thread-19761-1-1.html |
本帖最后由 深爱小李 于 2022-9-25 18:56 编辑 牧生 发表于 2022-9-24 15:31 你好@牧生 ，我仿照了你之前的一个帖子include水，为什么还是报错呢？ Methyl_benzoate.top文件如下： ; Created by Sobtop (http://sobereva.com/soft/sobtop) Version 1.0(dev3.1) on 2022-09-25 [ defaults ] ; nbfunc comb-rule gen-pairs fudgeLJ fudgeQQ 1 2 yes 0.5 0.8333 #include "amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp" ; Include Methyl_benzoate.itp topology #include "Methyl_benzoate.itp" #include "amber99sb-ildn.ff/tip4p.itp" [ system ] Methyl_benzoate [ molecules ] ; Molecule nmols Methyl_benzoate 1 报错内容如下： Fatal error: Syntax error - File forcefield.itp, line 1 Last line read: '********************************************************************' Found a second defaults directive. 模拟的命令和步骤还是跟帖子上图一 一样，请问是什么问题呢？@sobereva 老师，可以顺便帮我看一下吗？ |
sobereva 发表于 2022-9-24 21:48 好的 老师，明白了 |
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随便跑个水盒子体系，看top里水的itp是怎么include的 如果一点GROMACS的相关常识、拓扑文件编写常识都没有，最好参加北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）好好完整、系统学一次，GROMACS是绝对没法稀里糊涂地猜着跑出有意义的数据。 |
牧生 发表于 2022-9-24 15:31 请问具体怎么做呢，能麻烦您说明白一点吗，我刚接触这个，都不太懂  |
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