计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 分子模拟 (Molecular Modeling) › 求助如何将MS导出的pdb文件转换成gro格式

求助如何将MS导出的pdb文件转换成gro格式

查看数: 4234 | 评论数: 5 | 收藏 Add to favorites 0

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

帖子模式

absminfi

发布时间: 2022-10-4 15:16

正文摘要:

之前使用的是MS进行模拟，但是考虑到后面的计算量比较大，想要将过程移植到GMX上，在MS上保存成pdb之后用pdb2gmx命令转换时报错，主要错误如下 Processing chain 1 (1744 atoms, 4 residues) Problem with cha ...

回复 Reply

absminfi 发表于 Post on 2022-10-10 11:40:46

牧生发表于 2022-10-10 09:19
http://bbs.keinsci.com/thread-20047-1-1.html

非常感谢！

牧生 发表于 Post on 2022-10-10 09:19:11

absminfi 发表于 2022-10-9 23:04
谢谢sob老师的回答，这一步已经完成了，然后在后续md过程又遇到了一个问题。
md过程开始结构还是正常的 ...

http://bbs.keinsci.com/thread-20047-1-1.html

sobereva 发表于 Post on 2022-10-4 17:39:28

典型的乱用pdb2gmx
对于单纯的pdb->gro格式转换，把pdb载入最新版Multiwfn，主功能100的主功能2就能转成gro
真正需要你操心的是产生拓扑文件，别以为pdb2gmx是个黑箱，随便给个体系就能产生拓扑文件。高分子链怎么产生拓扑文件在论坛里有大量讨论，sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）也可以做到

含光君 发表于 Post on 2022-10-4 15:24:46

可以用VMD转

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register