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ORCA中.inp和.xyz文件的计算转换

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发布时间: 2022-10-17 20:12

正文摘要:

我在gromacs 的培训课程中用到了ORCA和Multiwfn计算原子电荷,在使用脚本的过程中需要ORCA的输入文件。我根据sob老师的步骤去做,但是我不会用ORCA将.inp计算出.xyz,如果我不进行下一步的计算,程序就会报错。我去 ...

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高糕糕 发表于 Post on 2022-10-19 15:46:35
感谢sob老师和pikachuupup的回答,我把问题终于解决了。现在把我的解决办法说一下,希望给遇到相同问题的人一点启发,PS:希望不会有比我更蠢的人了。
我是用Multiwfn和ORCA算原子电荷。安装ORCA:①要装gcc和gfortran编译器,可以用yum list installed | grep xxx检查是否已安装,gfortran可能需要gcc-gfortran(因为我在装的过程yum install gfortran这个不行,不知道是不是我哪里有问题了;其次我装好gcc后,再检查时就直接有gfortran,没有再运行yum install gfortran)。②安装ORCA,我的上述问题全部出在这了。一定要等ORCA全部解压完,我第一次安装没有解压完(太慢了以至于我以为可以了,后来在Windows下看才发现没解压完),并且按照老师的步骤想删掉系统自带的orca,结果删错了,导致我的运行过程处处报错。③随后运行过程出现了网络问题:No network interfaces were found for out-of-band communications(同http://bbs.keinsci.com/thread-24539-1-1.html),我按7L的方法改了,不行,随后想起虚拟机不能联网的情况,把Google改为了Bing,再次运行终于出现.chg文件。
注:①懒人脚本就是给我这种不懂的人用的,结果我没有认真阅读<详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法>(http://sobereva.com/612),错过了2.4关于RESP懒人脚本的解释,还妄想自己去搞ORCA各个输入输出文件,综合上述种种问题,导致我在报错的不归路上越走越远,还好终于回来了。
②我的原本目的就是算RESP电荷,对ORCA本身兴趣不大,所以这个帖子题目可能有点问题,如果sob老师能改一下就好了,因为我不会也不知道能不能改。
希望这些能给大家一点经验吧,搞了好几天,终于OK了。
pikachuupup 发表于 Post on 2022-10-18 21:34:43
运行输入文件的命令不对,可以去看看手册,再者提醒一下记得要在输入文件所在的文件夹目录下计算
sobereva 发表于 Post on 2022-10-17 23:42:58
高糕糕 发表于 2022-10-17 22:27
老师,我在将.inp文件转为.out文件,进而得到.xyz文件的时候,出现这个错误,是我的路径写的不对吗,我在里 ...

一个字一个字好好看2L提到的文章,输入文件哪是这么运行的,又不是bash脚本之类
sobereva 发表于 Post on 2022-10-17 20:30:30
ORCA怎么运行输入文件此文写明了
量子化学程序ORCA的安装方法
http://sobereva.com/451http://bbs.keinsci.com/thread-11697-1-1.html
怎么运行输入文件绝对不可能手册里没写

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