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[ORCA] ORCA中.inp和.xyz文件的计算转换

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我在gromacs 的培训课程中用到了ORCA和Multiwfn计算原子电荷,在使用脚本的过程中需要ORCA的输入文件。我根据sob老师的步骤去做,但是我不会用ORCA将.inp计算出.xyz,如果我不进行下一步的计算,程序就会报错。我去找过手册和论坛,但是没有找到确切的回答,所以请教大家,能帮我解答一下。

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发表于 Post on 2022-10-17 20:30:30 | 只看该作者 Only view this author
ORCA怎么运行输入文件此文写明了
量子化学程序ORCA的安装方法
http://sobereva.com/451http://bbs.keinsci.com/thread-11697-1-1.html
怎么运行输入文件绝对不可能手册里没写
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-17 22:27:41 | 只看该作者 Only view this author
老师,我在将.inp文件转为.out文件,进而得到.xyz文件的时候,出现这个错误,是我的路径写的不对吗,我在里面加过root也不行。想请您解答一下

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发表于 Post on 2022-10-17 23:42:58 | 只看该作者 Only view this author
高糕糕 发表于 2022-10-17 22:27
老师,我在将.inp文件转为.out文件,进而得到.xyz文件的时候,出现这个错误,是我的路径写的不对吗,我在里 ...

一个字一个字好好看2L提到的文章,输入文件哪是这么运行的,又不是bash脚本之类
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-10-18 21:34:43 | 只看该作者 Only view this author
运行输入文件的命令不对,可以去看看手册,再者提醒一下记得要在输入文件所在的文件夹目录下计算
桃李春风一杯酒,江湖夜雨十年灯

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-19 15:46:35 | 只看该作者 Only view this author
感谢sob老师和pikachuupup的回答,我把问题终于解决了。现在把我的解决办法说一下,希望给遇到相同问题的人一点启发,PS:希望不会有比我更蠢的人了。
我是用Multiwfn和ORCA算原子电荷。安装ORCA:①要装gcc和gfortran编译器,可以用yum list installed | grep xxx检查是否已安装,gfortran可能需要gcc-gfortran(因为我在装的过程yum install gfortran这个不行,不知道是不是我哪里有问题了;其次我装好gcc后,再检查时就直接有gfortran,没有再运行yum install gfortran)。②安装ORCA,我的上述问题全部出在这了。一定要等ORCA全部解压完,我第一次安装没有解压完(太慢了以至于我以为可以了,后来在Windows下看才发现没解压完),并且按照老师的步骤想删掉系统自带的orca,结果删错了,导致我的运行过程处处报错。③随后运行过程出现了网络问题:No network interfaces were found for out-of-band communications(同http://bbs.keinsci.com/thread-24539-1-1.html),我按7L的方法改了,不行,随后想起虚拟机不能联网的情况,把Google改为了Bing,再次运行终于出现.chg文件。
注:①懒人脚本就是给我这种不懂的人用的,结果我没有认真阅读<详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法>(http://sobereva.com/612),错过了2.4关于RESP懒人脚本的解释,还妄想自己去搞ORCA各个输入输出文件,综合上述种种问题,导致我在报错的不归路上越走越远,还好终于回来了。
②我的原本目的就是算RESP电荷,对ORCA本身兴趣不大,所以这个帖子题目可能有点问题,如果sob老师能改一下就好了,因为我不会也不知道能不能改。
希望这些能给大家一点经验吧,搞了好几天,终于OK了。

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