求助，gromacs做能量最小化一直不能收敛

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发布时间: 2022-10-23 10:56

本帖最后由小柏桐于 2022-10-24 10:23 编辑在做能量最小化时候，一直中途断了，最小化没有完成。体系有点复杂，溶液体系，有石墨烯和硫酸钙。

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sobereva 发表于 Post on 2022-10-24 23:41:49

小柏桐发表于 2022-10-24 09:42
谢谢老师，我解决了，就是我把amber力场里边的水分子.itp文件拷贝到top文件里边了，然后把第二张图片里边 ...

看不懂你的描述
说不清楚就拿具体文件说事
若无特殊情况，能量极小化过程甭对水启用约束

小柏桐 发表于 Post on 2022-10-24 09:42:55

本帖最后由小柏桐于 2022-10-24 10:26 编辑

sobereva 发表于 2022-10-24 05:09
光贴个mdp什么用处都没有，关键信息一概没有
先把http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8仔细看了再说
能 ...

谢谢老师，我解决了，就是我把amber力场里边的水分子.itp文件拷贝到top文件里边了，然后把第二张图片里边的东西删了，就收敛不了，我有重新加上那些水分子限制了就收敛了。但是老师那一部分是起的什么作用啊

sobereva 发表于 Post on 2022-10-24 05:09:03

光贴个mdp什么用处都没有，关键信息一概没有
先把http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8仔细看了再说
能量极小化只能说收没收敛，没有“平衡”一说

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