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[GROMACS] 求助,gromacs做能量最小化一直不能收敛

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本帖最后由 小柏桐 于 2022-10-24 10:23 编辑

在做能量最小化时候,一直中途断了,最小化没有完成。体系有点复杂,溶液体系,有石墨烯和硫酸钙。

202210241022294005..png (24.01 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

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发表于 Post on 2022-10-24 05:09:03 | 只看该作者 Only view this author
光贴个mdp什么用处都没有,关键信息一概没有
先把http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8仔细看了再说
能量极小化只能说收没收敛,没有“平衡”一说
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-24 09:42:55 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 小柏桐 于 2022-10-24 10:26 编辑
sobereva 发表于 2022-10-24 05:09
光贴个mdp什么用处都没有,关键信息一概没有
先把http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8仔细看了再说
能 ...

谢谢老师,我解决了,就是我把amber力场里边的水分子.itp文件拷贝到top文件里边了,然后把第二张图片里边的东西删了,就收敛不了,我有重新加上那些水分子限制了就收敛了。但是老师那一部分是起的什么作用啊

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发表于 Post on 2022-10-24 23:41:49 | 只看该作者 Only view this author
小柏桐 发表于 2022-10-24 09:42
谢谢老师,我解决了,就是我把amber力场里边的水分子.itp文件拷贝到top文件里边了,然后把第二张图片里边 ...

看不懂你的描述
说不清楚就拿具体文件说事
若无特殊情况,能量极小化过程甭对水启用约束
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-25 15:48:42 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 小柏桐 于 2022-10-25 16:57 编辑

就是在top文件中,水分子用第一页图片的形式,就收敛不了,用第二页的就能收敛。能量最小化的.mdp文件 define 也没有定义






em.mdp

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