李赛亚 发表于 2025-5-16 09:47
我遇到的问题相似，也是用charmm36-Jul的时候报错说Gly没有CB，查了aminoacids.rtp甘氨酸也就没有CB但还 ...

我来回复一下我自己，这个问题已经解决了，魔法上网后在gromacs论坛找到了解决方案https://gromacs.bioexcel.eu/t/re ... ound-in-file/3675/4
开发人员说是charmm36的一个文件的错误，解决方案贴在下面了。
This is a known issue in the latest CHARMM36 port. Change the [ COO- ] entry in aminoacids.c.tdb from

[ add ]
2   8   OT    C      CA     CB
  OC        15.999400  -0.6700  -1
to

[ add ]
2   8   OT    C      CA     N
  OC        15.999400  -0.6700  -1
and the problem will be fixed.

wyfgg 发表于 2022-10-25 10:20
Sob老师，我发现就是蛋白本身的问题，补充缺失的CG原子后，对蛋白的处理是成功的

我遇到的问题相似，也是用charmm36-Jul的时候报错说Gly没有CB，查了aminoacids.rtp甘氨酸也就没有CB但还是报错（其实甘氨酸本来就没有CB呀），可能因为Gly在羧基末端？换了charmm27就没事，amber99-isdn也没事，就charmm36-jul报错（我把charmm-feb删了因为他俩在gmx pdb2gmx的时候显示的与文件对应关系是错的，引用feb结果top文件include jul我一生气就再也没用过feb了）

wyfgg 发表于 2022-10-25 10:20
Sob老师，我发现就是蛋白本身的问题，补充缺失的CG原子后，对蛋白的处理是成功的

你好，请问是使用Chimerax进行缺失原子的补全吗？是使用的Structure editing的rotamer 还是Structure prediction的model loops？

wyfgg 发表于 2022-10-25 10:20
Sob老师，我发现就是蛋白本身的问题，补充缺失的CG原子后，对蛋白的处理是成功的

你好，请问你是用什么软件补充的缺失原子

wyfgg 发表于 2022-10-25 08:52
老师您好，根据您的指导，S原子的问题已经解决了，现在运行pdb2gmx提示我删去上述GLU残基则提示再删除上 ...

Sob老师，我发现就是蛋白本身的问题，补充缺失的CG原子后，对蛋白的处理是成功的

要搞懂pdb2gmx的处理规则。比如amber99sb-ildn.ff目录下的aminoacids.rtp中，MET部分
[ MET ]
[ atoms ]
     N    N           -0.41570     1
     H    H            0.27190     2
    CA    CT          -0.02370     3
    HA    H1           0.08800     4
    CB    CT           0.03420     5
   HB1    HC           0.02410     6
   HB2    HC           0.02410     7
    CG    CT           0.00180     8
   HG1    H1           0.04400     9
   HG2    H1           0.04400    10
    SD    S           -0.27370    11
    CE    CT          -0.05360    12
   HE1    H1           0.06840    13
   HE2    H1           0.06840    14
   HE3    H1           0.06840    15
     C    C            0.59730    16
     O    O           -0.56790    17
...略

这就说明你的pdb里的MET的硫也必须叫SD，否则没法对应