已解决：处理蛋白提示S原子在rtp文件中未找到

wyfgg

对蛋白进行处理

1. gmx pdb2gmx -f gsdmds.pdb -o gsdmds.gro -ignh

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报错

1. Atom S in residue MET 105 was not found in rtp entry MET with 17 atoms while sorting atoms.

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请问这个报错的原因是什么？我可以删去这个原子继续进行吗？

——————————【一更】—————————————
我了解到部分蛋白结构在解析时会采用【硒代甲硫氨基酸标记】的方法，以获得蛋白结晶解析的三维结构，因此我将附件中的gsdmd.pdb中MSE残基名批量替换为MET残基名，相应的Se原子也替换为S，从而得到附件中的gsdmds.pdb。但是MET又是含S的，删除S应该是不正确的吧？
——————————【二更】—————————————
我删除了MET中的S，而后发现蛋白中的残基序号不是从1开始的，因此重新排序编号后生成gsdmds2.pdb，在对这个蛋白进行pdb2gmx处理时报错

1. Residue 18 named GLU of a molecule in the input file was mapped to an entry in the topology database, but the atom CG used in that entry is not found in the input file. Perhaps your atom and/or residue naming needs to be fixed.

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这个报错让我很困惑的是，我删去这个残基，又有不同的残基报完全相同的错误，均是未找到【CG】，现在哭笑不得，不知道从何下手，蛋白是5wqt

sobereva

要搞懂pdb2gmx的处理规则。比如amber99sb-ildn.ff目录下的aminoacids.rtp中，MET部分
[ MET ]
[ atoms ]
     N    N           -0.41570     1
     H    H            0.27190     2
    CA    CT          -0.02370     3
    HA    H1           0.08800     4
    CB    CT           0.03420     5
   HB1    HC           0.02410     6
   HB2    HC           0.02410     7
    CG    CT           0.00180     8
   HG1    H1           0.04400     9
   HG2    H1           0.04400    10
    SD    S           -0.27370    11
    CE    CT          -0.05360    12
   HE1    H1           0.06840    13
   HE2    H1           0.06840    14
   HE3    H1           0.06840    15
     C    C            0.59730    16
     O    O           -0.56790    17
...略

这就说明你的pdb里的MET的硫也必须叫SD，否则没法对应

wyfgg

sobereva 发表于 2022-10-25 01:46
要搞懂pdb2gmx的处理规则。比如amber99sb-ildn.ff目录下的aminoacids.rtp中，MET部分
[ MET ]
[ atoms ] ...

老师您好，根据您的指导，S原子的问题已经解决了，现在运行pdb2gmx提示

1. Residue 18 named GLU of a molecule in the input file was mapped to an entry in the topology database, but the atom CG used in that entry is not found in the input file. Perhaps your atom and/or residue naming needs to be fixed.

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我删去上述GLU残基则提示

1. Residue 21 named LYS of a molecule in the input file was mapped to an entry in the topology database, but the atom CG used in that entry is not found in the input file. Perhaps your atom and/or residue naming needs to be fixed.

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再删除上述LYS残基提示

再删除上述LEU残基提示

我使用的gmx是http://sobereva.com/458，2020.6 CUDA GPU加速版，AVX2指令集（88 MB）
力场为charmm36-feb2021.ff，来源于http://mackerell.umaryland.edu/charmm_ff.shtml#gromacs
请问Sob老师，这个CG的的问题应该从哪些方面解决呢？我也想过构建非标准残基，但是现在看起来需要构建的非标准残基也很多，并且存在的问题均是CG未找到，有可能是蛋白的问题吗？

wyfgg

wyfgg 发表于 2022-10-25 08:52
老师您好，根据您的指导，S原子的问题已经解决了，现在运行pdb2gmx提示我删去上述GLU残基则提示再删除上 ...

Sob老师，我发现就是蛋白本身的问题，补充缺失的CG原子后，对蛋白的处理是成功的

MOI_001

wyfgg 发表于 2022-10-25 10:20
Sob老师，我发现就是蛋白本身的问题，补充缺失的CG原子后，对蛋白的处理是成功的

你好，请问你是用什么软件补充的缺失原子

花颂渊

wyfgg 发表于 2022-10-25 10:20
Sob老师，我发现就是蛋白本身的问题，补充缺失的CG原子后，对蛋白的处理是成功的

你好，请问是使用Chimerax进行缺失原子的补全吗？是使用的Structure editing的rotamer 还是Structure prediction的model loops？

李赛亚

wyfgg 发表于 2022-10-25 10:20
Sob老师，我发现就是蛋白本身的问题，补充缺失的CG原子后，对蛋白的处理是成功的

我遇到的问题相似，也是用charmm36-Jul的时候报错说Gly没有CB，查了aminoacids.rtp甘氨酸也就没有CB但还是报错（其实甘氨酸本来就没有CB呀），可能因为Gly在羧基末端？换了charmm27就没事，amber99-isdn也没事，就charmm36-jul报错（我把charmm-feb删了因为他俩在gmx pdb2gmx的时候显示的与文件对应关系是错的，引用feb结果top文件include jul我一生气就再也没用过feb了）