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伞形采样重复计算差异问题疑惑?

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发布时间: 2022-11-9 19:34

正文摘要:

   各位老师好,我采用伞形采样计算小分子过膜的平均力势曲线时,相同条件所产生的曲线出现了很大的差异,我想问问这个问题出在那儿呢?谢谢你的解答。

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熊小熊 发表于 Post on 2022-11-16 10:50:04
IamHK 发表于 2022-11-12 19:42
采样距离感觉有点大,你先把histo.xvg的图做出来,这样可以看到相邻窗口的重合度。

好的,非常感谢,我已经缩小了。
IamHK 发表于 Post on 2022-11-12 19:42:29
熊小熊 发表于 2022-11-11 20:44
哦哦,我延长采样时间试试吧!我采取的是拉力为200kj/mol,采样窗口模拟时间为6ns,采样距离为0.2nm。

采样距离感觉有点大,你先把histo.xvg的图做出来,这样可以看到相邻窗口的重合度。
熊小熊 发表于 Post on 2022-11-11 20:44:44
IamHK 发表于 2022-11-10 09:17
采样时间,窗口间距,系综等信息,你都没给出来。大概率是采样时间不够长。

哦哦,我延长采样时间试试吧!我采取的是拉力为200kj/mol,采样窗口模拟时间为6ns,采样距离为0.2nm。
IamHK 发表于 Post on 2022-11-10 09:17:56
采样时间,窗口间距,系综等信息,你都没给出来。大概率是采样时间不够长。

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