伞形采样重复计算差异问题疑惑？

熊小熊 · 发表于 Post on 2022-11-9 19:34:08

各位老师好，我采用伞形采样计算小分子过膜的平均力势曲线时，相同条件所产生的曲线出现了很大的差异，我想问问这个问题出在那儿呢？谢谢你的解答。

IamHK · 发表于 Post on 2022-11-10 09:17:56

采样时间，窗口间距，系综等信息，你都没给出来。大概率是采样时间不够长。

熊小熊 · 发表于 Post on 2022-11-11 20:44:44

IamHK 发表于 2022-11-10 09:17
采样时间，窗口间距，系综等信息，你都没给出来。大概率是采样时间不够长。

哦哦，我延长采样时间试试吧!我采取的是拉力为200kj/mol，采样窗口模拟时间为6ns，采样距离为0.2nm。

IamHK · 发表于 Post on 2022-11-12 19:42:29

熊小熊发表于 2022-11-11 20:44
哦哦，我延长采样时间试试吧!我采取的是拉力为200kj/mol，采样窗口模拟时间为6ns，采样距离为0.2nm。

采样距离感觉有点大，你先把histo.xvg的图做出来，这样可以看到相邻窗口的重合度。

熊小熊 · 发表于 Post on 2022-11-16 10:50:04

IamHK 发表于 2022-11-12 19:42
采样距离感觉有点大，你先把histo.xvg的图做出来，这样可以看到相邻窗口的重合度。

好的，非常感谢，我已经缩小了。

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