我后续通过羟基氧坐标和ClayFF力场参数中的bond_coeff参数（键长1埃米），给定了一个羟基氢的坐标（这个坐标和实际坐标肯定是有一定的偏差），随后通过fortice工作进行了结构优化。目前就是这么解决了这个问题，不知道是不是最优解，有更懂的老师同学的话，可以提出自己的做法。

exity 发表于 2022-11-29 07:53
H位置一般都被相邻重原子约束，自己靠经验方法补上，然后做QC优化。

QC优化是指？我用MS的forcite进行结构优化可以吗

H位置一般都被相邻重原子约束，自己靠经验方法补上，然后做QC优化。