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[Material Studio] 黏土矿物模型中的羟基氢如何确定?

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发表于 Post on 2022-11-28 21:40:31 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
请问各位老师同学,如何将黏土矿物中的羟基补上氢(图中标记位置),是在网上下载的cif文件,但是发现只有羟基氧没有羟基氢,网上也很少有人说这个问题,我怀疑是xrd数据不产生氢的位置信息。试了自动补氢键没有反应,用sketch atom键会直接出两个对称的氢元素,删一个另一个也会一起丢失,但是只需要一个,感谢!

微信图片_20221128213810.jpg
微信图片_20221128213818.jpg

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发表于 Post on 2022-11-29 07:53:05 | 显示全部楼层 Show all
H位置一般都被相邻重原子约束,自己靠经验方法补上,然后做QC优化。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-29 13:57:57 | 显示全部楼层 Show all
exity 发表于 2022-11-29 07:53
H位置一般都被相邻重原子约束,自己靠经验方法补上,然后做QC优化。

QC优化是指?我用MS的forcite进行结构优化可以吗

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-30 16:44:07 | 显示全部楼层 Show all
我后续通过羟基氧坐标和ClayFF力场参数中的bond_coeff参数(键长1埃米),给定了一个羟基氢的坐标(这个坐标和实际坐标肯定是有一定的偏差),随后通过fortice工作进行了结构优化。目前就是这么解决了这个问题,不知道是不是最优解,有更懂的老师同学的话,可以提出自己的做法。

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