Frozen-Penguin 发表于 2022-11-30 14:58
可能模拟的系统中没有这个肽键，可以在top文件中检查，在[ atoms ]部分找到成键的N和C原子的编号，在[ bond ...

谢谢您！已经解决

可能模拟的系统中没有这个肽键，可以在top文件中检查，在[ atoms ]部分找到成键的N和C原子的编号，在[ bonds ]部分查找是否有这个键。
出现上述情况可能是由于rtp文件中没有肽键的信息，肽键的写法可以参考力场目录下aminoacids.rtp的写法。