已解决：em后肽键断裂

wyfgg · 发表于 Post on 2022-11-30 11:56:39

本帖最后由 wyfgg 于 2022-11-30 16:57 编辑

各位老师好，我目前在进行一个人工合成多肽的MD模拟，多肽中包含两个非标准氨基酸。我运行em.mdp后，发现em.gro其中一个非标准氨基酸DLE6与LEU7的肽键断裂，请问这个可能是哪方面出现的问题呢？和我建立的残基rtp有关吗？各位老师有没有什么好的解决办法？
谢谢
更新：我单独取出断裂肽键前后的残基进行独立的em，发现他们并不会断裂，这是不是说明，这个多肽本身不稳定（实际上应该是很稳定的。。。）

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-11-30 14:58:47

可能模拟的系统中没有这个肽键，可以在top文件中检查，在[ atoms ]部分找到成键的N和C原子的编号，在[ bonds ]部分查找是否有这个键。
出现上述情况可能是由于rtp文件中没有肽键的信息，肽键的写法可以参考力场目录下aminoacids.rtp的写法。

wyfgg · 发表于 Post on 2022-11-30 16:56:42

Frozen-Penguin 发表于 2022-11-30 14:58
可能模拟的系统中没有这个肽键，可以在top文件中检查，在[ atoms ]部分找到成键的N和C原子的编号，在[ bond ...

谢谢您！已经解决

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