chands 发表于 2023-1-4 15:34 感谢您的回复，我又看了一些帖子 |
sobereva 发表于 2023-1-5 00:21 谢谢sob老师的回复，我差不多明白了。我重新看了下帖子《谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算》，看到了那种粗略但比较省事的计算溶剂下焓或自由能的方法， 以一个结构为例， (1) 关键词# opt freq B3LYP/genecp scrf(IEFPCM,solvent=water) empiricaldispersion=gd3bj 对体系进行优化和振动分析，其他原子用6-31g(d)，Cu用sdd,得到1=Thermal correction to Gibbs Free Energy (2) 关键词# B3LYP/genecp scrf(IEFPCM,solvent=water) empiricaldispersion=gd3bj在(1)的结构下结合溶剂模型用高级别计算单点,为了防止被挑刺，我也用IEFPCM，其他原子用6-311g(d)，Cu用sdd,读取Scf done 的值 然后将1和2的结果相加，再加上1.89 kcal/mol |
PengyueJin 发表于 2023-1-4 12:36 写了genecp就没必要再写pseudo=read 此类柔性体系的气相自由能热校正量部分强烈建议用Shermo结合Grimme的QRRHO模型代替Gaussian自己的RRHO模型，能准确不少，看下文 使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据 http://sobereva.com/552（http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html） 怎么能opt freq带D3，反倒单点不带了？ B3LYP不带D3算色散作用贡献显著的弱相互作用极其垃圾 另外，opt freq阶段强烈建议用默认的IEFPCM代替SMD，对柔性体系后者出虚频、难收敛的概率不小，下文明确说了这点 谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算 http://sobereva.com/327（http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html） 1. 可 2. 分清楚溶解自由能和溶剂下的自由能，完全两码事。求差的显然是后者，否则你只得到了溶剂效应对结合自由能的贡献 |
| 建议先算一些较小的分子练练手... |
PengyueJin 发表于 2023-1-4 12:41 电荷和自旋多重度应该按照实际情况输入。 |
本帖最后由 PengyueJin 于 2023-1-4 12:42 编辑 sai77 发表于 2023-1-4 09:17 感谢您的回复，按照文献铜确实应该是二价，因为是在碱性条件下合成的，所以体系中我认为应该是带两个单位负电荷，因为高斯默认的是电荷和多重度0 1，所以我不确定，正确的是不是应该改为-2 1 |
本帖最后由 PengyueJin 于 2023-1-4 12:41 编辑 sobereva 发表于 2023-1-4 08:10 感谢sob老师的回复，关于赝势基组的编写部分我已经在帖子原文中修改了，另外我今天查到一篇文献，计算的类似的结构，使用的是泛函和基组是M062X/6-311+G(d)，阅读了您推荐的《谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算》这篇帖子，计划参照您帖子第4点提到的实例来计算溶解自由能。另外，理论计算只是对实验进行一个简单验证，精度要求不需很高，我编写了以下输入文件，不知是否合理，其他您提到的问题我再考虑一下再来咨询。 (1) 关键词# opt freq B3LYP/genecp scrf(SMD,solvent=water) empiricaldispersion=gd3bj pseudo=read 对体系进行优化和振动分析，得到1=Thermal correction to Gibbs Free Energy (2)关键词#B3LYP/6-311+G(d,p) geom=allcheck，基于(1)的结构计算真空下较高精度电子能量2 (3)关键词#M052X/6-31G* geom=allcheck，即基于(1)的结构在真空下计算电子能量3 (4)关键词#M052X/6-31G* scrf(SMD,solvent=water) geom=allcheck，即基于(1)的结构在水中计算电子能量 溶解自由能=气相自由能+溶解自由能+1.89/627.51=（1+2）+（4-3）+1.89/627.51 新的疑问：以图片2中的结构1为例 1. 能否直接用D/L结合Cu2-α-CD以后，计算的溶解自由能直接比较哪种构型更优 2. 结合自由能是不是等于=复合物的能量-单独的氨基酸-单独的Cu2-α-CD=(D-phe@Cu2-α-CD)-(D-phe)-(Cu2-α-CD),如果是的话，那用的是不是上述得到的溶解自由能来算 |
|
本帖最后由 sai77 于 2023-1-4 09:33 编辑 你这画的是二价铜吗？我怎么看着像三价？ 如果结构是中性的，铜应该是三价。 如果铜是二价，那这个结构就应该带两个负电荷。 |
|
“应该选择哪一种”如果你是指gview里选哪种铜的片段建模，这跟量化计算毫无直接关系，这仅仅是画分子结构层面的问题。量化计算不看连接关系。下文提了 不要在Gaussian里用CPCM，此文明确说了 谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算 http://sobereva.com/327（http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html） 你光定义了赝势基组，都没写赝势，结果毫无意义，仔细看下文 详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入 http://sobereva.com/60 当前问题应当用结合自由能考察，算溶解自由能的时候必须考虑非极性部分的贡献，应当用SMD。仔细看《谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算》了解计算正确的方式。 搞清楚Cu-O配位键通长距离在什么范围，显然4 Å太远了。要有共价半径的概念 能摆多少这种问题，头脑里要有范德华半径的概念。也可以在可视化程序里显示范德华表面 1、2、3都应当考虑，实际中对应结合自由能最负的状态 |
手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图
GMT+8, 2026-2-28 22:42 , Processed in 3.858791 second(s), 25 queries , Gzip On.
组图打开中，请稍候......
收藏 Add to favorites