sobereva 发表于 2021-7-8 12:27
不需要
只有力场才需要原子电荷

谢谢老师，这下我就不用重新再跑一次了

rendong 发表于 2021-7-7 15:40
老师您好，我想请教一下，在Gaussian中，使用ONIOM对有机分子晶体进行激发态结构优化，低层部分使用PM7，是 ...

不需要
只有力场才需要原子电荷

老师您好，我想请教一下，在Gaussian中，使用ONIOM对有机分子晶体进行激发态结构优化，低层部分使用PM7，是否需要给低层部分进行电荷赋值

sobereva 发表于 2016-7-1 01:31
这个得自己写个程序，否则没什么办法

偶，这样子，好的， 谢谢sob老师。

小范范1989 发表于 2016-6-30 17:00
sob老师好，现在遇到这个背景电荷赋值的时候和初始分子坐标不对应的问题。
我的分子如附件。
主要是我 ...

这个得自己写个程序，否则没什么办法

sobereva 发表于 2016-6-7 09:19
1 团簇里相同种类分子原子顺序通常都是一样的，你取其中一个，优化，算电荷，显然给出来的顺序还是和团簇 ...

sob老师好，现在遇到这个背景电荷赋值的时候和初始分子坐标不对应的问题。
我的分子如附件。
主要是我分子的编号问题，同一个分子内，虽然编号连续了，但是相同分子之间，编号并不是相同的，比如说第一个是S-N-C-C-H，而第二个分子却是S-C-N-H-C这个样子，不知道如何把这些分子的顺序一致的排列起来。
希望sob老师能帮助调节一下这两个分子，能够指点一下如何实现，谢谢sob老师。
PS：之前用sob老师的这个方式完全没有问题。我感觉这次是因为实验分子给的这个cif的原因、cif少了H，自己扩充了层数，然后通过又保存坐标，同时添加了H。所以出现了顺序不对应的问题。
谢谢sob老师

sobereva 发表于 2016-6-7 09:19
1 团簇里相同种类分子原子顺序通常都是一样的，你取其中一个，优化，算电荷，显然给出来的顺序还是和团簇 ...

再咨询sob老师一下，这里为什么使用CHELPG电荷呢？原因是什么，或者参考文献，因为我怕后面写的时候审稿人问，就想先说一下为什么用CHELPG电荷。谢谢老师第二个就是：计算的高斯输出文件，读取电荷是哪一部分呢？我看有         
Condensed to atoms (all electrons):
Mulliken charges:
            .......
Mulliken charges with hydrogens summed into heavy atoms:


Fitting point charges to electrostatic potential
Charges from ESP fit, RMS=   0.00431 RRMS=   0.38174:
ESP charges:


ESP charges with hydrogens summed into heavy atoms:

以及
-----------------------------------------------------------------

              Electrostatic Properties (Atomic Units)

-----------------------------------------------------------------
    Center     Electric         -------- Electric Field --------
               Potential          X             Y             Z
-----------------------------------------------------------------
  这么多选项呢，

PS：刚刚qq群里，sob老师已经指点，是读取Charges from ESP fit, RMS=   0.00431 RRMS=   0.38174:
ESP charges:
谢谢sob老师

小范范1989 发表于 2016-6-7 09:35
非常感谢sob老师，学会了好多。
PS：顺带一下，这个gromacs培训班是暑假开学之后（9月后）？谢谢老师

是

sobereva 发表于 2016-6-7 09:19
1 团簇里相同种类分子原子顺序通常都是一样的，你取其中一个，优化，算电荷，显然给出来的顺序还是和团簇 ...

非常感谢sob老师，学会了好多。
PS：顺带一下，这个gromacs培训班是暑假开学之后（9月后）？谢谢老师

小范范1989 发表于 2016-6-7 08:16
sob老师好，通过老师这个帖子学到了很多，对我之前的一个想法帮助非常大，（想法之前和您讨论过：ONIOM优化 ...

1 团簇里相同种类分子原子顺序通常都是一样的，你取其中一个，优化，算电荷，显然给出来的顺序还是和团簇里一致

2.2 你没必要去除中心分子的电荷，你不用分子力场来做的话原子电荷设定就不会被利用而已，不碍事。

3 对。+1只是为了演示，另外涉及到算外重组能的时候也需要这么干。

sob老师好，通过老师这个帖子学到了很多，对我之前的一个想法帮助非常大，（想法之前和您讨论过：ONIOM优化，但是在算频率的时候，把MM区域当做背景电荷处理）

所以，针对您的第二个方案setcharge，我这里有几个问题想咨询一下老师：
1：我看老师说这个CHELPG电荷，会给后面晶体中每个分子这个附上电荷。我想咨询的是高斯计算的CHELPG电荷的顺序，和咱们要对晶体中赋值的顺序是一样的吗？如何才能保证一样？
其实我的意思是，会不会出现高斯计算的H的电荷被赋值到了晶体中C原子上面。这个对应关系如何保证准确？
2：希望sob老师指点一下我计算频率，把MM当做背景电荷的处理方式：
  2.1：通过老师的optflag程序，我对晶体结构进行了固定等等，然后用ONIOM进行了优化，得到了优化的坐标文件。
  2.2：现在，我想通过老师说的setcharge方式来把我周围的分子做背景电荷，
         处理方式为：先通过老师的这个setcharge程序对所有的分子进行电荷赋值，
         然后：把中心分子的坐标单独取出来，保存做高斯输入文件（去除刚刚计算的电荷）。同时把周围所有分子的坐标和刚刚得到的电荷，做背景电荷处理，也就是放到中心分子坐标的后面。


3：不知道我2.2这种方式对不对，也就是中间分子做中性分子，不考虑自身的电荷，而把周围的做背景电荷。但是我看sob老师是把中间的做成了带+1的文件，这里老师只是为了展示计算还是说ONIOM处理的时候的一种方式？谢谢老师。